在Rstudio 0.96中的R Markdown文件上按"Knit HTML"时会运行什么命令？
我的动机是,当我在另一个文本编辑环境中时,我可能想要运行相同的命令,或者我可能想要将命令组合成更大的命令makefile.
我从我的应用程序闪亮生成pdf报告时遇到问题,该报告托管在服务器上.
该应用程序工作正常,但当我按下按钮下载报告时,我收到此错误:
pandoc version 1.12.3 or higher is required and was not found.
问题是,如果我输入pandoc -v我得到:
pandoc 1.12.3.3
Compiled with texmath 0.6.6, highlighting-kate 0.5.6.1.
Syntax highlighting is supported for the following languages:
actionscript, ada, apache, asn1, asp, awk, bash, bibtex, boo, c, changelog,
clojure, cmake, coffee, coldfusion, commonlisp, cpp, cs, css, curry, d,
diff, djangotemplate, doxygen, doxygenlua, dtd, eiffel, email, erlang,
fortran, fsharp, gnuassembler, go, haskell, haxe, html, ini, java, javadoc,
javascript, json, jsp, julia, latex, lex, literatecurry, literatehaskell, …我希望使用R将HTML文件转换为PDF文件.
是否有可以执行此转换的命令或工具/命令的组合？
锋线:使用pandoc()在knitr,它试图编译.MD或.Rmd成PDF时抱怨.
正如许多地方所记录的那样,我正在简化可重复研究的过程.我正在使用pandoc并knitr生成出色的文档.我也试图精简一些不熟悉编程的同事,但我们正试图使用类似的文件."用户友好"以降价为中心的编辑器有几种选择,出于几个原因,我倾向于使用RStudio(对于他们来说,emacs/ess对我来说,但那是不同的).
我的工作流程:给他们一个markdown(.md或.Rmd)文件,让他们能够进行更改,并可选择将其重新呈现为PDF.不幸的是,RStudio不允许(AFAICT)允许设置模板或其他任意pandoc配置参数(例如,章节,数字部分),因此pandoc()在R/knitr中使用在这里很有意义.
使用whitepaper.Rmd作为输入文件,我pandoc('whitepaper.Rmd', 'pdf')在R中运行并立即获得:
> pandoc('whitepaper.Rmd', 'pdf')
executing pandoc -t latex --standalone --smart --number-sections --template=report.tex -f markdown -t pdf -o whitepaper.pdf "whitepaper.Rmd"
pandoc.exe: cannot produce pdf output with pdf writer
Error in (function (input, format, ext, cfg) : conversion failed
我明确地在我的knitr特定标题中有"t:latex",但没有它,pandoc()仍然在系统调用中添加"-t pdf",这是pandoc.exe不接受的.
通过故障排除,如果我删除该命令就可以了'-t pdf',所以输入文件本身似乎没有任何问题:
> system('pandoc -t latex --standalone --smart --number-sections --template=report.tex -f markdown -o whitepaper.pdf "whitepaper.Rmd"')
已经有关于该主题的许多其他对话: …