我们都知道Mathematica很棒,但它也经常缺乏关键功能.您在Mathematica中使用哪种外部包/工具/资源？
我将编辑(并邀请任何其他人也这样做)这个主要帖子包括专注于科学研究的一般适用性的资源,并且尽可能多的人会觉得有用.随意贡献任何东西,甚至是小代码片段(正如我在下面做的时间例程).
此外,在Mathematica 7及其他您发现自己,或从一些纸张/网站挖出的无证和有用的功能是非常受欢迎的.
请提供简短描述或评论为什么有什么好东西或它提供的实用程序.如果您使用会员链接链接到亚马逊上的书籍,请提及它,例如,在链接后面加上您的姓名.
包:
LevelScheme是一个大大扩展Mathematica生产美观图的能力的软件包.我使用它,如果没有其他任何东西,那么对框架/轴刻度的大大改进控制.它的最新版本称为SciDraw,它将在今年的某个时候发布.Presentation Package(50美元 - 免费更新)grassmannOps软件包提供了使用Grassmann变量和具有非平凡换向关系的算子进行代数和微积分的资源.GrassmannAlgebra与格拉斯曼(Grassmann)和克利福德代数(Clifford algebras)合作的包和书.工具:
MASH是Daniel Reeves出色的Perl脚本,主要为Mathematica v7提供脚本支持.(现在-script可以选择使用Mathematica 8制作.)alternate Mathematica shell与GNU的readline输入(使用python,*nix中只)资源:
MathSource对于各种应用程序,Wolfram自己的存储库有很多有用的缩小笔记本.另请参阅其他部分,例如
Current Documentation, Courseware 讲座, Demos为了演示.在数学维基教科书.
图书:
我在Windows7 32位平台上使用mathematica 8.0.1.0.我尝试导入数据
Import[file,”Table”]
只要文件(文件中的数组)足够小,它就可以正常工作.但是对于更大的文件(38MB)/阵列(9429乘2052),我得到的信息是:
No more memory available. Mathematica kernel has shut down. Try quitting other applications and then retry.
在具有更多主内存的Windows7 64位平台上,我可以导入更大的文件,但我认为有一天,当文件增长/数组有更多行时,我会遇到同样的问题.
所以,我试图找到一个导入大文件的解决方案.在搜索了一段时间之后,我在这里看到了一个类似的问题:处理Wolfram Mathematica中的大数据文件的方法.但似乎我的mathematica知识不足以使建议的OpenRead,ReadList或类似的数据适应我的数据(参见这里的示例文件).问题是我需要文件中数组的其余程序信息,例如某些列和行中的Dimensions,Max/Min,我正在对某些列和每一行进行操作.但是当我使用例如ReadList时,我从来没有得到与我使用Import相同的数组信息(可能是因为我以错误的方式进行).
有人可以给我一些建议吗？我很感激每一个支持!
作为我工作的一部分,我正在处理非常大的文本文件,并在一定程度上分析它们的单词和短语频率.我遇到了计算时间,内存限制和提取相关信息的困难.
对于这个程序,我正在处理一个已经清理过的大文本文件(比如50MB),变成小写.但除此之外它只是非结构化的文本.我试图生成'bigrams','trigrams,'quadgrams'和'fivegrams'的列表 - 分别是经常出现的两个,三个,四个和五个单词短语的组合(即"我是"是一个二重奏,"我是自由的"是一个三元组,"我自由总是"是一个四元组".
我现在在做什么？
这是我当前的代码,其中inputlower是一个全小写字符串(使用Mathematica抓取的Web数据).
inputlower=Import["/directory/allTextLowered.txt"];
bigrams =
Sort[Tally[Partition[inputlower, 2, 1]], #1[[2]] > #2[[2]] &];
Export["/directory/bigrams.txt", bigrams];
Clear[bigrams];
trigrams =
Sort[Tally[Partition[inputlower, 3, 1]], #1[[2]] > #2[[2]] &];
Export["/directory/trigrams.txt", trigrams];
Clear[trigrams];
quadgrams =
Sort[Tally[Partition[inputlower, 4, 1]], #1[[2]] > #2[[2]] &];
Export["/directory/quadrams.txt", quadgrams];
Clear[quadgrams];
fivegrams =
Sort[Tally[Partition[inputlower, 5, 1]], #1[[2]] > #2[[2]] &];
Export["/directory/fivegrams.txt", fivegrams];
在某种程度上,它运作良好:我确实得到了生成的信息,并且在较小的尺度上,我发现这个代码工作得足够快,我可以得到一些近似于可行Manipulate[]程序的东西.但是,当我们处理大量投入时......
使用大文件时有什么问题？
最重要的是,我的输出文件太大而无法使用.有没有办法在代码中指定一个断点:例如,我不想要任何只出现一次的'bigrams'？如果证明仍然留下太多信息,是否有办法指明我不希望文件中有任何"bigrams",除非它们出现的次数超过10次？即如果"我的奶酪"出现20次,我想知道它,但如果"我垫"只出现一次,也许失去它会使文件更易于管理？
其次,这些过程需要很长时间:单独生成二元输出需要两到三个小时.我是否以有效的方式解决这个问题？
第三,如果我确实有一个包含所有信息的大型bigram文件(~650MB +),Mathematica是否有办法访问信息而不将其全部加载到内存中 - 即获取名为bigrams.txt的文件,了解它包含{{"i","am"},55}没有阻塞系统？
编辑
[截至12月7日,我删除了我提出的示例文件 - 再次感谢所有人]
我是Java的新手,并尝试使用Mathematica的Java接口来使用内存映射来访问文件(希望提高性能).
我所拥有的Mathematica代码(我相信)相当于以下Java代码(基于此):
import java.io.FileInputStream;
import java.nio.MappedByteBuffer;
import java.nio.channels.FileChannel;
public class MainClass {
private static final int LENGTH = 8*100;
public static void main(String[] args) throws Exception {
MappedByteBuffer buffer = new FileInputStream("test.bin").getChannel().map(FileChannel.MapMode.READ_ONLY, 0, LENGTH);
buffer.load();
buffer.isLoaded(); // returns false, why?
}
}
我想array()在缓冲区上使用该方法,所以我首先尝试将缓冲区内容加载到内存中load().但是,即使之后load(),isLoaded()返回false并buffer.array()抛出异常:java.lang.UnsupportedOperationException
at java.nio.ByteBuffer.array(ByteBuffer.java:940).
为什么不加载缓冲区以及如何调用该array()方法？
我的最终目标是获得一系列double的使用asDoubleBuffer().array().该方法getDouble()确实可以正常工作,但我希望能够一次完成这项工作以获得良好的性能.我究竟做错了什么？
正如我在Mathematica中所做的那样,我将发布我使用的实际Mathematica代码(相当于Java中的上述代码):
Needs["JLink`"]
LoadJavaClass["java.nio.channels.FileChannel$MapMode"]
buffer = JavaNew["java.io.FileInputStream", "test.bin"]@getChannel[]@map[FileChannel$MapMode`READUONLY, 0, 8*100] …