我已经尝试了mathematica代码,用于在这个地址中发布DNA序列的混沌游戏:http: //facstaff.unca.edu/mcmcclur/blog/GeneCGR.html
这是这样的:
genome = Import["c:\data\sequence.fasta", "Sequence"];
genome = StringReplace[ToString[genome], {"{" -> "", "}" -> ""}];
chars = StringCases[genome, "G" | "C" | "T" | "A"];
f[x_, "A"] := x/2;
f[x_, "T"] := x/2 + {1/2, 0};
f[x_, "G"] := x/2 + {1/2, 1/2};
f[x_, "C"] := x/2 + {0, 1/2};
pts = FoldList[f, {0.5, 0.5}, chars];
Graphics[{PointSize[Tiny], Point[pts]}]
Run Code Online (Sandbox Code Playgroud)
我所拥有的fasta序列只是像AACCTTTGATCAAA这样的字母序列,要生成的图形如下:

代码适用于小序列,但是当我想要放置一个巨大的序列,例如几乎40Mb的染色体时,该程序需要花费大量时间并且只显示黑色方块,因此无法进行分析.是否有可能改进上述代码,以便显示它的方格会更大?,方式必须只是方形单位.感谢您的帮助