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我无法从R初始化与AWS EC2实例的连接,因为我似乎一直在收到错误:Permission denied (publickey)我目前正在使用Mac OS X 10.6.8作为我的操作系统

我尝试在终端($)和R(>)中运行的代码如下:

$ R --vanilla
> require(snowfall)
> sfInit(parallel=TRUE,socketHosts =list("ec2-xx-xxx-xx-xx.zone.compute.amazonaws.com"))
Permission denied (publickey)

但奇怪的是,当我尝试ssh到实例时,我不需要密码,因为我已经在初始化时将公钥导入实例,(我认为)

所以从我的正常终端...跑步时

$ ssh ubuntu@ec2-xx-xxx-xx-xx.zone.compute.amazonaws.com

它会自动连接...(所以我不是100%确定它是否是无密码问题,例如在AWS中使用雪(和降雪)在R中进行并行处理)

我试过在键等上查看相当数量的材料,但似乎没有任何差别.我~/.ssh/authorized_keys也是一个文件夹而不是文件由于某种原因,我甚至在尝试时都无法访问它sudo cd .ssh/authorized_keys...在权限方面drw-------

最终的目标是连接到很多ec2实例并foreach用来执行一些并行处理...但是现在连接到一个也很好...我也想使用我自己的ami所以starcluster不是我真正想要的......(除非我能够使用私有amis并私下运行所有​​命令......)

另外如果doRedis比有人能告诉我如何从本地机器连接到ec2实例那样好,那也是好的...

编辑

我已经设法使用parallel包来处理ssh无密码登录makePSOCKcluster,如R和makePSOCKcluter EC2 socketConnection所示 ......但现在遇到的socketConnection问题如链接中的问题所示...

任何想法如何连接到它？

还证明一切正常,我想这意味着以下命令/函数可以用于获取所有不同的IP地址

d <- parLapply(cl1, 1:length(cl1),function(x)system("ifconfig",intern=T)[2])

函数cl1的输出在哪里make*cluster

注意,因为赏金真的是针对链接中的问题....我不介意你提出哪个问题的答案...但只要在这个问题上写了一些东西就把它与正确的答案联系起来关于相关问题,那么我将相应地奖励积分......

我想通过为每个客户建立一个模型来拍摄Kaggle Dunnhumby的挑战.我想将数据拆分为十个组,并使用Amazon Web服务(AWS)在十个组中并行使用R来构建模型.我遇到的一些相关链接是:

• 所述SEGUE包 ;
• 一个演示使用并行亚马逊网络服务.

我不明白的是:

• 如何将数据导入十个节点？
• 如何在节点上发送和执行R功能？

如果你能分享建议和提示,指出我正确的方向,我将非常感激.

PS我在AWS上使用免费使用帐户,但在Amazon Linux AMI上从源代码安装R非常困难(由于缺少标题,库和其他依赖项而导致许多错误).