相关疑难解决方法(0)

我正在尝试生成一个plotly heatmap，我希望颜色由离散比例指定。

这就是我的意思：

生成具有 2 个集群的数据并按层次对它们进行聚类：

require(permute)
set.seed(1)
mat <- rbind(cbind(matrix(rnorm(2500,2,1),nrow=25,ncol=500),matrix(rnorm(2500,-2,1),nrow=25,ncol=500)),
             cbind(matrix(rnorm(2500,-2,1),nrow=25,ncol=500),matrix(rnorm(2500,2,1),nrow=25,ncol=500)))
rownames(mat) <- paste("g",1:50,sep=".")
colnames(mat) <- paste("s",1:1000,sep=".")
hc.col <- hclust(dist(t(mat)))
dd.col <- as.dendrogram(hc.col)
col.order <- order.dendrogram(dd.col)
hc.row <- hclust(dist(mat))
dd.row <- as.dendrogram(hc.row)
row.order <- order.dendrogram(dd.row)
mat <- mat[row.order,col.order]

将值放入mat间隔并为每个间隔设置颜色：

require(RColorBrewer)
mat.intervals <- cut(mat,breaks=6)
interval.mat <- matrix(mat.intervals,nrow=50,ncol=1000,dimnames=list(rownames(mat),colnames(mat)))
interval.cols <- brewer.pal(6,"Set2")
names(interval.cols) <- levels(mat.intervals)

使用ggplot2我以这种heatmap方式绘制（也legend指定了离散颜色和各自的范围）：

require(reshape2)
interval.df <- reshape2::melt(interval.mat,varnames=c("gene","sample"),value.name="expr")
require(ggplot2)
ggplot(interval.df,aes(x=sample,y=gene,fill=expr))+
  geom_tile(color=NA)+theme_bw()+
  theme(strip.text.x=element_text(angle=90,vjust=1,hjust=0.5,size=6),panel.spacing=unit(0.025,"cm"),legend.key=element_blank(),plot.margin=unit(c(1,1,1,1),"cm"),legend.key.size=unit(0.25,"cm"),panel.border=element_blank(),strip.background=element_blank(),axis.ticks.y=element_line(size=0.25))+
  scale_color_manual(drop=FALSE,values=interval.cols,labels=names(interval.cols),name="expr")+
  scale_fill_manual(drop=FALSE,values=interval.cols,labels=names(interval.cols),name="expr")

这使：

这是我尝试用以下方法生成它plotly：

plot_ly(z=mat,x=colnames(mat),y=rownames(mat),type="heatmap",colors=interval.cols)

这使： …

我试图用R绘制一个热图.这是可重复的例子:

test <- structure(list(s1 = c(0L, 0L, 1L, 0L, 1L, 1L), s2 = c(1L, 1L, 
0L, 1L, 0L, 0L), s3 = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), s4 = c(0L, 0L, 
0L, 0L, 0L, 0L), s5 = c(0L, 0L, 0L, 0L, 0L, 0L), s6 = c(0L, 0L, 
0L, 0L, 0L, 0L)), .Names = c("s1", "s2", "s3", "s4", "s5", "s6"
), row.names = c("5HT2 type receptor mediated signaling pathway", 
"5HT3 type receptor mediated signaling pathway", "5-Hydroxytryptamine degredation", 
"Alpha adrenergic receptor signaling …