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哪个包最适合热图/图像,仅在行上排序,但不显示任何树形图或其他视觉混乱(只是在两个轴上都带有自动命名标签的2D彩色网格).除了基本的数字排序之外,我不需要花哨的聚类.数据是一个39x10的数值表,范围(0,0.21)我想要可视化.

我搜索了SO(见这个)和R网站,并尝试了一些.查看R图形手册,查看优秀的可搜索的屏幕截图列表和相应的软件包.

包的范围令人困惑 - 哪一个是首选的热图(如ggplot2适用于大多数其他绘图)？这是我到目前为止发现的:

• base :: image - bad,轴上没有名称标签,没有排序/聚类
• base :: heatmap - 选项远不如以下可理解:
• pheatmap :: pheatmap - 很棒,但似乎无法关闭树形图？(任何黑客？)
• 正如安德里指出的那样,ggplot2人使用geom_tile
• gplots :: heatmap.2,ref - 似乎受到了生物技术人士的青睐,但对于我的目的来说却是过度杀戮.(与ggplot*或Wickham教授无关)
• plotrix :: color2D.matplot也存在

base::heatmap很烦人,即使使用args,heatmap(..., Colv=NA, keep.dendro=FALSE)它仍会在行上绘制不需要的树形图.

现在我要pheatmap(..., cluster_cols=FALSE, cluster_rows=FALSE)和我手动预先分配我的桌子,就像这个人:热图中的行顺序？

附录:要显示每个单元格内的值,请参阅:显示矩阵(包括值)作为热图.我不需要那个,但它很棒.

我在R中有一个矩阵表示两个变量的联合概率质量函数(pmf),例如:

> matrix(c(.13, .00004, 0, 0, 0, .04, .13, .008, 0, 0, .01, .007, .16, .02, .0004, .004, .025, .070, .14, .01, .001, .007, .028, .028, .12), nrow=5)
        [,1]  [,2]   [,3]  [,4]  [,5]
[1,] 0.13000 0.040 0.0100 0.004 0.001
[2,] 0.00004 0.130 0.0070 0.025 0.007
[3,] 0.00000 0.008 0.1600 0.070 0.028
[4,] 0.00000 0.000 0.0200 0.140 0.028
[5,] 0.00000 0.000 0.0004 0.010 0.120

我想创建这个数据的2D可视化,将其划分为5x5个较小的正方形,其中单个正方形的颜色与矩阵中的条目成比例.(在上面的情况下,它沿着对角线是最暗的).有没有一种简单的方法来生成这种类型的图像？

我想生成一个图表,显示聚类数据和相似性矩阵之间的相关性.我怎么能在R中这样做？R中是否有任何函数可以像此链接中的图片一样创建图形？ http://bp0.blogger.com/_VCI4AaOLs-A/SG5H_jm-f8I/AAAAAAAAAJQ/TeLzUEWbb08/s400/Similarity.gif (只是用Google搜索,并得到了展示,我想制作一个图表链接)

提前致谢.

我有这个问题.我有一个热图,(但我想这适用于每个情节)但我需要镜像我的y轴.

我在这里得到了一些示例代码:

library(gstat)
x <- seq(1,50,length=50)
y <- seq(1,50,length=50)
z <- rnorm(1000)
df <- data.frame(x=x,y=y,z=z)
image(df,col=heat.colors(256)) 

这将生成以下热图 但我需要y轴镜像.从顶部的0和底部的50开始.有没有人知道我必须做些什么才能改变这个？