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如何使用Bash迭代文本文件的每一行？

使用此脚本:

echo "Start!"
for p in (peptides.txt)
do
    echo "${p}"
done

我在屏幕上看到这个输出:

Start!
./runPep.sh: line 3: syntax error near unexpected token `('
./runPep.sh: line 3: `for p in (peptides.txt)'

(后来我想做一些$p比输出到屏幕更复杂的事情.)

环境变量SHELL是(来自env):

SHELL=/bin/bash

/bin/bash --version 输出:

GNU bash, version 3.1.17(1)-release (x86_64-suse-linux-gnu)
Copyright (C) 2005 Free Software Foundation, Inc.

cat /proc/version 输出:

Linux version 2.6.18.2-34-default (geeko@buildhost) (gcc version 4.1.2 20061115 (prerelease) (SUSE Linux)) #1 SMP Mon Nov 27 11:46:27 UTC 2006

文件peptides.txt包含:

RKEKNVQ
IPKKLLQK
QYFHQLEKMNVK …

我对Bash中括号,括号,花括号的用法以及它们的双重或单一形式之间的区别感到困惑.有明确的解释吗？

我遇到了许多带有变量的shell脚本,我一直认为存在严重的误解.我的理解是,按照惯例(也许很久以前就必须),环境变量都是全部的.

但是在像Bash这样的现代脚本环境中,我总是倾向于使用临时变量的小写名称约定,而仅为导出(即环境)变量使用大写的约定.例如:

#!/usr/bin/env bash
year=`date +%Y`
echo "It is $year."
export JAVA_HOME="$HOME/java"

这一直是我对事物的看法.是否有任何权威来源同意或不同意这种方法,还是纯粹是风格问题？

有人能告诉我是否应该在shell脚本中包含变量的引号？

例如,以下是正确的:

xdg-open $URL 
[ $? -eq 2 ]

要么

xdg-open "$URL"
[ "$?" -eq "2" ]

如果是这样,为什么？