总之,我在RStudio中的'input_file1.txt'上使用我的脚本'Graphs.R'来创建一个Rmd然后我编织成html.我想自动执行此过程以在命令行上运行更多文件.
到目前为止,我可以使用以下命令在命令行上运行Rscript:
Rscript Graphs.R input_file1.txt
我也知道我可以使用以下命令创建.RMD文件:
Rscript -e rmarkdown :: render(Graphs.R)
但是,我想做以下事情:
Rscript -e rmarkdown :: render('Graphs.R input_file1.txt','output_file.Rmd')
有什么想法如何做到这一点？
对于典型的 R 脚本，shebang 语法可用于在其中运行代码。带文件file.R
#!/usr/bin/env Rscript
<some R code here>
运行./file.R将执行代码。
但是可以用 R-markdown 以某种方式做同样的事情吗？因此，使用名为 的文件file.Rmd：
#!/usr/bin/env <some command>
<some markdown>
<some R code here>
<some markdown again>
跑步./file.Rmd会产生file.md?
我正在尝试根据以下教程在R Markdown中创建参数化报告:http://rmarkdown.rstudio.com/developer_parameterized_reports.html#passing-parameters
我正在尝试使用render从r控制台传递文件路径作为参数.像这样:
render('rmarkdownfile.rmd',params= list( client= "clientdata.csv"))
我的markdown文件如下所示:
title: "Liquidity Report"
output: pdf_document
params: client:"clientdata.csv"
---
```{r plot, echo=FALSE, warning=FALSE}
cftest <- read.csv(params$client)
但我得到一个错误,上面写着:
read.table中的错误(file = file,header = header,sep = sep,quote = quote,:'file'必须是字符串或连接调用:
即使我遵循本教程的步骤,Markdown似乎也没有识别参数.有没有人能够在R Markdown中成功使用参数？
此外,我正在遵循本教程的建议,并使用R Studio预览以及r markdown和knitr的最新版本.
感谢您的帮助!
拉斐尔