我经常有一个主R Markdown文件或knitr LaTeX文件,其中我source有一些其他R文件(例如,用于数据处理).但是,我认为在某些情况下,将这些源文件作为自己的可再现文档(例如,R Markdown文件不仅包括用于数据处理的命令,而且还生成可重复的文档来解释数据处理将是有益的.决定).
因此,我想source('myfile.rmd')在我的主R Markdown文件中有一个命令.这将提取和源代码的R代码块内的所有R代码myfile.rmd.当然,这会引起错误.
以下命令有效:
```{r message=FALSE, results='hide'}
knit('myfile.rmd', tangle=TRUE)
source('myfile.R')
```
results='hide'如果需要输出,可以省略.即,从knitr输出的R代码myfile.rmd成myfile.R.
但是,它似乎并不完美:
source(...).因此我的问题是: 是否有更优雅的方式来获取R Markdown文件的R代码？
我需要加载到R包:tseries和chron
两者都有一个名为is.weekend的函数
我总是在我的环境中使用我加载的第二个包中的函数.
我怎样才能从chron那里随时访问这个函数？
我正在使用RStudio版本0.97.312运行R版本2.15.3.我有一个脚本从各种来源读取我的数据并创建几个data.tables.然后我有另一个r脚本,它使用在第一个脚本中创建的data.tables.我想将第二个脚本转换为R降价脚本,以便分析结果可以作为报告输出.
我不知道的目的read_chunk,而不是source.我read_chunk没有工作,但source正在工作.无论哪种情况,我都无法在RStudio的工作区面板中看到对象.
请解释之间的差异read_chunk和source？我为什么要使用其中一个？为什么我的.Rmd脚本不起作用
这是行不通的.我收到以下消息
错误:找不到对象'z'
两个简单的文件......
测试源到rmd.R
x <- 1:10
y <- 3:4
z <- x*y
测试源.Rmd
Can I run another script from Rmd
========================================================
Testing if I can run "test of source to rmd.R"
```{r first part}
require(knitr)
read_chunk("test of source to rmd.R")
a <- z-1000
a
```
The above worked only if I replaced "read_chunk" with "source". I
can use the vectors outside of the …我正在使用包装的markdonw v2 rmarkdown.在整个.Rmd文件中,我创建了指向网站或图像的链接
[Link1][pathLink1]
![Image1][pathImage1]
然后,在文件的最后我给出了参考文献
[pathLink1]:http://website.com/linkes/Link1.md
![pathImage1]:./images_rmd/
还有其他报道谈论相同的引用并在不同的上下文中使用相同的图像.我想创建一个包含所有链接和路径定义的单独文件,这样我就可以在每个.Rmd文件的末尾简单地获取它,就像我在R环境中调用一样
source(/Rcode1.R)
问题:如何在.Rmd中"获取"另一个文件,以便源代码将所需的文本字符串打印到.Rmd文件中？
这将为HTML和PDF中的引用和科学论文组成提供一些帮助.