我试图在python中使用OpenCV进行一些图像分析,但我认为图像本身会非常棘手,而且之前我从未做过这样的事情,所以我想说出我的逻辑,也许会得到一些想法/实用代码实现我想做的事情,在我投入大量时间走错路之前.

这个帖子非常接近我想要达到的目标,在我看来,使用的图像应该比我的更难分析.我会对那些彩色斑点的大小感兴趣,而不是它们与左上角的距离.我也一直在关注这段代码,虽然我对参考对象并不特别感兴趣(仅以像素为单位的尺寸就足够了,之后可以转换).

这是输入图像:

你正在看的是冰晶,我想找到每个冰晶的平均大小.每个界限都有相当明确的定义,所以概念上这是我的方法,如果这是错误的方法,我想听听任何建议或意见:

1. RGB中的图像被导入并转换为8位灰色(根据我在ImageJ中的测试,32会更好,但我还没想到如何在OpenCV中做到这一点).
2. 边缘可选地是高斯模糊的以消除噪声
3. Canny边缘探测器拾取线条
4. 进行形态变换(侵蚀+膨胀)以试图进一步缩小边界.

在这一点上,似乎我可以做出选择.我可以对图像进行二值化,并测量高于阈值的斑点(即斑点为白色时的最大值像素),或者通过更完整地关闭和填充轮廓来继续边缘检测.虽然看了那个教程,轮廓似乎很复杂,虽然我可以让代码在我的图像上运行,但它并没有正确地检测到晶体(不出所料).我也不确定在二值化之前我是否应该进行变换？

假设我可以完成所有工作,我认为合理的测量将是最小封闭框或椭圆的最长轴.

我还没有完全解决所有的阈值,因此有些晶体被遗漏了,但由于它们被平均化,所以目前这并没有出现大问题.

该脚本在处理图像时会存储处理后的图像,所以我也希望最终的输出图像类似于链接的SO线程中的"标记的blob"图像,但每个blob都可以注释其尺寸.

这是一个(不完整的)理想化输出的样子,每个晶体都被识别,注释和测量(当我走得那么远时,我非常确定我可以解决测量).

简化了图像和之前的代码尝试,因为它们使线程过长并且不再相关.

编辑III:

根据评论,分水岭算法看起来非常接近实现我所追求的目标.这里的问题是,分配算法所需的标记区域非常困难(http://docs.opencv.org/3.2.0/d3/db4/tutorial_py_watershed.html).

我不认为这是通过二值化过程可以通过阈值解决的问题,因为谷物的表观颜色变化远大于该线程中的玩具示例.

编辑IV

这是我玩过的其他一些测试图像.它的表现比我预期的更小的水晶要好得多,显然很多可以通过我尚未尝试的阈值来完成.

这里是1,左上角到右下角对应于Alex在下面的步骤输出的图像.

这是第二个更大的晶体.

您会注意到这些颜色往往更均匀,但更难辨别边缘.我发现有点令人惊讶的是边缘泛滥对某些图像有点过于热心,我原本认为对于具有非常微小晶体的图像尤其如此,但实际上它似乎有更多的效果在较大的那些.从我们的实际显微镜可能有很大的空间来改善输入图像的质量,但是编程可以从系统中获得的"松弛"越多,我们的生活就越容易!

这是一个显示cv2.floodfill函数用法的示例代码

import cv2
import numpy as np
import os

def imshow(img):
    cv2.imshow('img', img)
    cv2.waitKey(0)
    cv2.destroyAllWindows()


img = cv2.imread('test4.png')

gray = cv2.cvtColor(img, cv2.COLOR_BGR2GRAY)

thresh = cv2.adaptiveThreshold(gray,255,cv2.ADAPTIVE_THRESH_MEAN_C,cv2.THRESH_BINARY_INV,3,1)

_, contours, hierarchy = cv2.findContours(thresh,cv2.RETR_CCOMP,cv2.CHAIN_APPROX_NONE)

mask = np.zeros(img.shape[:-1],np.uint8)

cv2.drawContours(mask,contours,-1,(255,255,255),-1)

height, width = img.shape[:-1]

mask1 = np.zeros((height+2, width+2), np.uint8)     # line 26
cv2.floodFill(mask,mask1,(0,0),255)     # line 27
mask_inv=cv2.bitwise_not(mask)

imshow(mask_inv)

我在我的一个项目中使用此函数但我不理解代码的mask1部分(第26行和第27行),

为什么我们为高度为'-h'和宽度为'w'的给定图像创建形状为h + 2,w + 2的mask1？(第26行)

为什么我们必须将这个mask1传递给cv2.floodfill函数？(第27行)

这是示例代码的输入和输出.

输入图像

输出图像

请帮忙