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我正在使用dplyr重写我的所有代码,并需要mutate/mutate_at函数的帮助.我需要的是将自定义函数应用于我的表中的两列.理想情况下,我会通过它们的索引来引用这些列,但现在我甚至无法通过名称引用它.

功能是:

binom.test.p <- function(x) {
  if (is.na(x[1])|is.na(x[2])|(x[1]+x[2])<10) {
    return(NA)
  } 
  else {
    return(binom.test(x, alternative="two.sided")$p.value)
  }
} 

我的数据:

table <- data.frame(geneId=c("a", "b", "c", "d"), ref_SG1_E2_1_R1_Sum = c(10,20,10,15), alt_SG1_E2_1_R1_Sum = c(10,20,10,15))

所以我这样做:

table %>%
  mutate(Ratio=binom.test.p(c(ref_SG1_E2_1_R1_Sum, alt_SG1_E2_1_R1_Sum)))
Error: incorrect length of 'x'

如果我做:

table %>% 
mutate(Ratio=binom.test.p(ref_SG1_E2_1_R1_Sum, alt_SG1_E2_1_R1_Sum))
Error: unused argument (c(10, 20, 10, 15))

第二个错误可能是因为我的函数需要一个向量而是获得两个参数.

但即使忘记了我的功能.这有效:

table %>%
  mutate(sum = ref_SG1_E2_1_R1_Sum + alt_SG1_E2_1_R1_Sum)

这不是:

    table %>%
      mutate(.cols=c(2:3), .funs=funs(sum=sum(.)))
Error: wrong result size (2), expected 4 or 1

所以这可能是我对dplyr如何工作的误解.