相关疑难解决方法(0)

在散点图的pyplot文档中:

matplotlib.pyplot.scatter(x, y, s=20, c='b', marker='o', cmap=None, norm=None,
                          vmin=None, vmax=None, alpha=None, linewidths=None,
                          faceted=True, verts=None, hold=None, **kwargs)

标记大小

s:以磅为单位的大小^ 2.它是一个标量或与x和y长度相同的数组.

什么样的单位points^2？这是什么意思？是否s=100意味10 pixel x 10 pixel？

基本上我正在尝试制作具有不同标记大小的散点图,我想弄清楚这个s数字是什么意思.

我的python脚本使用matplotlib绘制x,y,z数据集的2D"热图".我的x和y值代表蛋白质中的氨基酸残基,因此只能是整数.当我放大绘图时,它看起来像这样:

正如我所说,xy轴上的浮点值对我的数据没有意义,因此我希望它看起来像这样:

任何想法如何实现这一目标？这是生成图的代码:

def plotDistanceMap(self):
    # Read on x,y,z
    x = self.currentGraph['xData']
    y = self.currentGraph['yData']
    X, Y = numpy.meshgrid(x, y)
    Z = self.currentGraph['zData']
    # Define colormap
    cmap = colors.ListedColormap(['blue', 'green', 'orange', 'red'])
    cmap.set_under('white')
    cmap.set_over('white')
    bounds = [1,15,50,80,100]
    norm = colors.BoundaryNorm(bounds, cmap.N)
    # Draw surface plot
    img = self.axes.pcolor(X, Y, Z, cmap=cmap, norm=norm)
    self.axes.set_xlim(x.min(), x.max())
    self.axes.set_ylim(y.min(), y.max())
    self.axes.set_xlabel(self.currentGraph['xTitle'])
    self.axes.set_ylabel(self.currentGraph['yTitle'])
    # Cosmetics
    #matplotlib.rcParams.update({'font.size': 12})
    xminorLocator = MultipleLocator(10)
    yminorLocator = MultipleLocator(10)
    self.axes.xaxis.set_minor_locator(xminorLocator)
    self.axes.yaxis.set_minor_locator(yminorLocator)
    self.axes.tick_params(direction='out', length=6, width=1)
    self.axes.tick_params(which='minor', direction='out', length=3, width=1)
    self.axes.xaxis.labelpad = 15 …

这是一个与https://stats.stackexchange.com/questions/21572/how-to-plot-decision-boundary-of-ak-nearest-neighbor-classifier-from-elements-o相关的问题

为了完整起见,这是该链接的原始示例:

library(ElemStatLearn)
require(class)
x <- mixture.example$x
g <- mixture.example$y
xnew <- mixture.example$xnew
mod15 <- knn(x, xnew, g, k=15, prob=TRUE)
prob <- attr(mod15, "prob")
prob <- ifelse(mod15=="1", prob, 1-prob)
px1 <- mixture.example$px1
px2 <- mixture.example$px2
prob15 <- matrix(prob, length(px1), length(px2))
par(mar=rep(2,4))
contour(px1, px2, prob15, levels=0.5, labels="", xlab="", ylab="", main=
        "15-nearest neighbour", axes=FALSE)
points(x, col=ifelse(g==1, "coral", "cornflowerblue"))
gd <- expand.grid(x=px1, y=px2)
points(gd, pch=".", cex=1.2, col=ifelse(prob15>0.5, "coral", "cornflowerblue"))
box()

我一直在玩这个例子,并希望尝试使用三个类.我可以用类似的东西改变g的某些值

g[8:16] <- 2

只是假装有一些来自第三类的样本.但是,我不能让情节有效.我想我需要改变处理获胜类别投票比例的线:

prob <- attr(mod15, "prob")
prob <- …

我试图从下面的情节中删除原点蜱以阻止它们重叠,或者只是将它们彼此远离也会很好我试过这个:

xticks = ax.xaxis.get_major_ticks()
xticks[0].label1.set_visible(False)
yticks = ax.yaxis.get_major_ticks()
yticks[0].label1.set_visible(False)

然而,这样就从y轴上删除了第一个和最后一个刻度,如下所示:

有没有人知道如何做到这一点？任何帮助将不胜感激.

编辑:添加了更多示例代码

import matplotlib
import matplotlib.pyplot as plt
fig = plt.figure()
ax = fig.add_subplot(111)
plt.xlabel(xlab)
plt.ylabel(ylab)
ax.spines["right"].set_color('none')
ax.xaxis.set_ticks_position('top')
ax.yaxis.set_ticks_position('left')
ax.spines["bottom"].set_color('none')
ax.xaxis.set_label_position('top')
ax.spines['left'].set_color('black')
ax.spines['top'].set_color('black')
ax.tick_params(colors='black')
xticks = ax.xaxis.get_major_ticks()
xticks[0].label1.set_visible(False)
yticks = ax.yaxis.get_major_ticks()
yticks[-1].label1.set_visible(False)
for x, y in all:
    ax.plot(x, y, 'ro')