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我正在考虑用rmarkdown和latex编写我的论文.然而,当我尝试在文本中添加一个图形(而不是R图)并将其渲染为pdf时,标题和文本引用会消失,我将了解它是如何工作的.

这是我用来添加数字的代码片段:

---
title: "Untitled"
output: pdf_document
---

see figure \ref{fig1}.

![picture \label{fig1}](figure1.png)

这就是knitr创造的:

这就是pandoc创造的:

问题: 如何在渲染为pdf时显示的Rmarkdown中的图形标题和文本引用？

要么

我如何告诉pandoc Rmarkdown是什么,它将呈现R代码和图？

\label{}当使用knitr从*.Rmd文件到*.md文件时,我无法生成绘图knitr; 然后转换为*.pdfvia pandoc.

我的MWE *.Rmd包括在下面:

```{r Setup, include=FALSE, results="hide", warning=FALSE}
opts_chunk$set(dev="cairo_pdf", fig.lp="fig:", echo=FALSE, results="hide", 
               message=FALSE, warning=FALSE)
```

```{r mwe-plot, fig.cap = "MWE plot."}
library(ggplot2)
ggplot(mtcars, aes(factor(cyl))) +
  geom_bar() 
```

我编织:

knit("mwe.Rmd") 

然后我用pandoc

pandoc -o mwe.pdf mwe.md 

我应该能够Figure \ref{fig:mwe-plot}在我的*.Rmd来源中交叉引用该情节.但是\label{fig:mwe-plot},mwe.tex如果我运行,似乎还没有创建:

pandoc -o mwe.pdf mwe.md

谢谢!

我想在我的图标题中引用一篇文章.我试过在块选项中使用Rmarkdown/pandoc [@citekey]和latex \\citep{citekey}形式,fig.cap没有任何运气.

这是一个可重复的例子:

---
output:
  rmarkdown::tufte_handout
references:
- id: Nobody06
  title: 'My Article'
  author:
  - family: Nobody
    given: Jr
  issued:
    year: 2006
---

Some text [@Nobody06].

```{r figure, fig.cap="A figure [@Nobody06]"}
library(ggplot2)
qplot(1:10, rnorm(10))
```

# References

这会在文本块中生成正确的引文,但在图标题中[@Nobody06](当我使用RMarkdown表单时)或(?)(当我使用Latex表单时).

这是一个screencap: .

有谁知道是否可以在fig.cap现场使用引用？

在这篇文章之后，我试图将@YihuiXie的答案与rticles的PLOS模板一起付诸实践，但这是行不通的。任何帮助将不胜感激！

下面是一个最小的示例：

---
title: Title of submission to PLOS journal
author:
  - name: Me
    affiliation: Here

# output: rticles::plos_article
output:
  bookdown::pdf_document2:
    base_format: rticles::plos_article
---

# Introduction

Some text \@ref(fig:fig1)

# References {#references .unnumbered}

错误消息显示为

Error in pdf_book(..., base_format = rmarkdown::pdf_document) :    formal argument "base_format" matched by multiple actual arguments 
Calls: <Anonymous> -> create_output_format -> do.call -> <Anonymous> 
Execution halted

感谢bookdownYihui Xie提供的非常有用的软件包，数字的交叉引用非常有效。并且可以参考这个问题中描述的数字

但是，在用 R 为科学论文撰写出版物时，我必须将几组数字分开。第一组是进入出版物的数字，第二组是补充数字。

我想有一个单独的计数器用于补充数字。目前有没有办法在bookdown包装中做到这一点？

所以基本上我喜欢

\@ref(fig:figure1) # evaluates to Fig. 1
\@ref(fig:figure2) # evaluates to Fig. 2
\@ref(figS:supplementary-figure1) #evaluates to Fig. S1. 

附注。对我来说最重要的输出是bookdown::word_document2

最小工作示例：

---
title: "MWD"
output: bookdown::word_document2
---

# Results
This text refers to Fig. \@ref(fig:fig1main). 
We also want to refere here to Fig. \@ref(fig:fig2main).

In some cases we also need supplementary data. Please see Suppl. Fig. S\@ref(fig:fig1supp).

Please note that the 'S' before the reference should optimally NOT …

我的问题是如何引用如下所示的降价格式的表格，因为这里的答案不起作用\n使用 bookdown 包引用“手工制作”的表格\n我尝试过

---\noutput: html_document\n---\n\nyou may refer to this table using \\@ref(tab:foo)\n\nTable: (\\#tab:foo) Your table caption.\n\n+-----------------------+-----------------------+-----------------------+\n| Auteur                | Protocole             | R\xc3\xa9sultats             |\n+=======================+=======================+=======================+\n| (Jiayi 2011)          | Analyse formantique   | Diphtongaison de [e  |\n+-----------------------+-----------------------+-----------------------+\n

但它不起作用。

它给出“表格：（#tab：foo）您的表格标题。” 作为标题和“您可以使用 @ref(tab:foo) 引用此表”如果我使用 @ref(tab:foo) 交叉引用。

是否也可以有自动编号？

bookdown 为方程、图形、表格和部分提供了很好的交叉引用选项：https ://bookdown.org/yihui/bookdown/cross-references.html

但是，当我将它们设置为输出“文章:: elsevier_article”时，它们似乎不起作用。

文章中的交叉引用有哪些可用选项？