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PCA使用ggbiplot进行缩放

我正在尝试使用prcomp和绘制主成分分析ggbiplot.我正在获取单位圆外的数据值,并且在调用之前无法重新调整数据prcomp,我可以将数据约束到单位圆.

data(wine)
require(ggbiplot)
wine.pca=prcomp(wine[,1:3],scale.=TRUE)
ggbiplot(wine.pca,obs.scale = 1, 
         var.scale=1,groups=wine.class,ellipse=TRUE,circle=TRUE)
Run Code Online (Sandbox Code Playgroud)

我在调用之前通过减去平均值并除以标准偏差来尝试缩放prcomp:

wine2=wine[,1:3]
mean=apply(wine2,2,mean)
sd=apply(wine2,2,mean)
for(i in 1:ncol(wine2)){
  wine2[,i]=(wine2[,i]-mean[i])/sd[i]
}
wine2.pca=prcomp(wine2,scale.=TRUE)
ggbiplot(wine2.pca,obs.scale=1, 
         var.scale=1,groups=wine.class,ellipse=TRUE,circle=TRUE)
Run Code Online (Sandbox Code Playgroud)

ggbiplot 包安装如下:

require(devtools)
install_github('ggbiplot','vqv')
Run Code Online (Sandbox Code Playgroud)

输出任一代码块:

在此输入图像描述

根据@Brian Hanson在下面的评论,我正在添加一个反映我想要获得的输出的附加图像.

在此输入图像描述

r ggplot2 pca ggbiplot

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