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在数据计算结束后有效转换 data.table 的好方法是什么

nrow=500e3
ncol=2000
m <- matrix(rnorm(nrow*ncol),nrow=nrow)
colnames(m) <- c('foo',seq(ncol-1))
dt <- data.table(m)
df <- as.data.frame(m)
dt <- t(dt)  #take a long time and converts the data table to a matrix

计算时间

1. to transpose the matrix
system.time(mt <- t(m))
   user  system elapsed
 20.005   0.016  20.024

2. to transpose the dt
system.time(dt <- t(dt))
user  system elapsed
32.722  15.129  47.855

3. to transpose a df
system.time(df <- t(df))
user  system elapsed
32.414  15.357  47.775

我有一个看起来像这样的数据框(这只是一个子集,实际上数据集有2724098行)

> head(dat)

chr   start  end    enhancer motif 
chr10 238000 238600 9_EnhA1  GATA6 
chr10 238000 238600 9_EnhA1  GATA4 
chr10 238000 238600 9_EnhA1    SRF 
chr10 238000 238600 9_EnhA1  MEF2A 
chr10 375200 375400 9_EnhA1  GATA6 
chr10 375200 375400 9_EnhA1  GATA4 
chr10 440400 441000 9_EnhA1  GATA6 
chr10 440400 441000 9_EnhA1  GATA4 
chr10 440400 441000 9_EnhA1    SRF 
chr10 440400 441000 9_EnhA1  MEF2A 
chr10 441600 442000 9_EnhA1    SRF 
chr10 441600 442000 9_EnhA1  MEF2A 

我能够将我的数据集转换为这种格式,其中chr,start,end和enhancer组代表一个ID:

> dat

 id motif 
 1  GATA6 
 1  GATA4 
 1    SRF 
 1 …