在OS X中修改PATH等环境变量的正确方法是什么？

我在Google上看了一下,发现要编辑的三个不同文件:

• 的/ etc /路径
• 〜/ .profile文件
• 〜/ .tcshrc文件

我甚至没有这些文件,我很确定.tcshrc是错误的,因为OS X现在使用bash.这些变量,尤其是PATH,在哪里定义？

我正在运行OS X v10.5(Leopard).

我刚刚完成了一个干净的安装OS X Mavericks,我已经下载了Eclipse Kepler,但如果我执行它,给我这个消息:

请我安装Runtime Java SE 6; 我已安装Java 7,如果我按下Install该对话框,下载并安装它,再次打开Eclipse,则会再次出现该对话框.

我怎么解决它？

我可以加载rJava和xlsxjars包,但是当我执行库(xlsx)时,我得到了"无法加载JVM".以下是我的详细信息.

OS版本:

$ sw_vers
ProductName:    Mac OS X
ProductVersion: 10.11
BuildVersion:   15A284

Java版本:

$ java -version
java version "1.8.0_65"
Java(TM) SE Runtime Environment (build 1.8.0_65-b17)
Java HotSpot(TM) 64-Bit Server VM (build 25.65-b01, mixed mode)

Java路径:

$ which java
/usr/bin/java

Java主页:

$ /usr/libexec/java_home
/Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.8.0_65.jdk/Contents/Home

R版本:

$ R --version
R version 3.2.3 (2015-12-10) -- "Wooden Christmas-Tree"
Copyright (C) 2015 The R Foundation for Statistical Computing
Platform: x86_64-apple-darwin13.4.0 (64-bit)

我如何推出R:

$ LD_LIBRARY_PATH=$(/usr/libexec/java_home)/jre/lib/server: open -a RStudio

成功加载rJava和xlsxjars包:

> library(rJava)
> library(xlsxjars)

尝试加载xlsx包失败:

> library(xlsx) …

我昨天升级到了OSX Yosemite.当我运行library(xlsx)时RStudio,程序崩溃,我收到消息:"要打开'RStudio',您需要安装旧的Java SE 6运行时." 我得到有关打开相同的结果和消息R当我运行library(xlsx)在R.

这是我的详细信息:

Mac Yosemite, Version 10.10.2
R version 3.1.2 (2014-10-31) 
Platform: x86_64-apple-darwin13.4.0 (64-bit)

我有Java版本8更新31.我运行java -version并收到此消息:"没有Java运行时,请求安装." 所以我安装了Java SE Development Kit 8u31.现在:

java -version
java version "1.8.0_31"
Java(TM) SE Runtime Environment (build 1.8.0_31-b13)
Java HotSpot(TM) 64-Bit Server VM (build 25.31-b07, mixed mode)

这没有做到这一点,因为运行library(xlsx)仍然会崩溃程序并发出警告.我是否需要以某种方式回滚到Java SE 6运行时,还是有办法使用我安装的最新版本？

这个SO帖子似乎是相关的,但我不清楚安装Java 6的安装解决方案.答案链接到似乎过时的苹果支持页面.

我不熟悉Java,所以我可以使用一些建议.

Rstudio的编织按钮无法编写包含rJava包的rmarkdown(Rmd)文件.但是,如果我使用rmarkdown::render(),相同的Rmd文件将呈现为html而不会出现问题.

我可以使用以下代码重现错误:

test.Rmd的内容:

---
title: "test"
output: html_document
---

```{r}
library(rJava)
```

单击编织按钮按钮将返回:

processing file: test.Rmd

Error : .onLoad failed in loadNamespace() for 'rJava', details:
  call: dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...)
  error: unable to load shared object '/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.3/Resources/library/rJava/libs/rJava.so':
  dlopen(/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.3/Resources/library/rJava/libs/rJava.so, 6): Library not loaded: @rpath/libjvm.dylib
  Referenced from: /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.3/Resources/library/rJava/libs/rJava.so
  Reason: image not found
Quitting from lines 7-8 (test.Rmd) 
Error: package or namespace load failed for 'rJava'
Execution halted

并且rmarkdown::render("test.Rmd")工作正常.此外,library(rJava)正常运行(非编织)也可以正常工作(在RStudio内).

在macOS Sierra 10.12中使用RStudio版本1.0.136,knitr 1.15.1,rmarkdown 1.3,rJava 0.9-8,R 3.3.2. …

我在rJava上关注本教程:http://cran.r-project.org/web/packages/helloJavaWorld/vignettes/helloJavaWorld.pdf

我已经制作了教程中指定的所有文件并安装了helloJavaWorld包,但是一旦我运行了helloJavaWorld()函数,就会抱怨:

> helloJavaWorld()
Error in .jnew("HelloJavaWorld") :
  java.lang.UnsupportedClassVersionError: HelloJavaWorld : Unsupported major.minor version 52.0

所以我试着检查rJava正在使用的java版本:

.jinit()
jvm = .jnew("java.lang.System")
jvm.props = jvm$getProperties()$toString()
jvm.props <- strsplit(gsub("\\{(.*)}", "\\1", jvm.props), ", ")[[1]]
jvm.props

 [1] "java.runtime.name=Java(TM) SE Runtime Environment"
 [2] "sun.boot.library.path=/System/Library/Java/JavaVirtualMachines/1.6.0.jdk/Contents/Libraries"
 [3] "java.vm.version=20.65-b04-466.1"
 [4] "awt.nativeDoubleBuffering=true"
 [5] "gopherProxySet=false"
 [6] "mrj.build=11M4716"
 [7] "java.vm.vendor=Apple Inc."
 [8] "java.vendor.url=http://www.apple.com/"
 [9] "path.separator=:"
[10] "java.vm.name=Java HotSpot(TM) 64-Bit Server VM"
[11] "file.encoding.pkg=sun.io"
[12] "user.country=US"
[13] "sun.os.patch.level=unknown"
[14] "java.vm.specification.name=Java Virtual Machine Specification"
[15] "user.dir=/private/tmp"
[16] "java.runtime.version=1.6.0_65-b14-466.1-11M4716"
[17] "java.awt.graphicsenv=apple.awt.CGraphicsEnvironment"
[18] "java.endorsed.dirs=/System/Library/Java/JavaVirtualMachines/1.6.0.jdk/Contents/Home/lib/endorsed" …

我一直在努力解决这个问题.当我从R安装rJava时,它需要Java 1.6而不是1.8.我正在使用MAC OS 10.8.5,这些是我已经完成的步骤.

我安装了R.
我的机器上有Java 1.6和1.8.
我从终端使用重新配置R: sudo R CMD javareconf -n.
这是输出的样子:

Java interpreter : /usr/bin/java
Java version     : 1.8.0_25
Java home path   : /Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.8.0_25.jdk/Contents/Home/jre
Java compiler    : /usr/bin/javac
Java headers gen.: /usr/bin/javah
Java archive tool: /usr/bin/jar
Non-system Java on OS X

试图编译和链接JNI程序

detected JNI cpp flags    : -I$(JAVA_HOME)/../include -I$(JAVA_HOME)/../include/darwin
detected JNI linker flags : -L$(JAVA_HOME)/lib/server -ljvm
gcc -arch x86_64 -std=gnu99 -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG -I/Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.8.0_25.jdk/Contents/Home/jre/../include -I/Library/Java/JavaVirtualMachines/jdk1.8.0_25.jdk/Contents/Home/jre/../include/darwin -I/usr/local/include    -fPIC  -mtune=core2 -g -O2  -c conftest.c -o conftest.o
gcc -arch x86_64 …

我在macOS sierra(10.12.5)上运行R(版本3.4.0),我正在尝试使用需要使用rJava库的xlsx库.

当我尝试library(rJava)在R控制台中加载rJava时(如果在RStudio或终端中没有区别),我收到以下错误消息,我无法理解:

Fehler: package or namespace load failed for ‘rJava’:
 .onLoad in loadNamespace() für 'rJava' fehlgeschlagen, Details:
  Aufruf: dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...)
  Fehler: kann shared object '/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.4/Resources/library/rJava/libs/rJava.so' nicht laden:
  dlopen(/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.4/Resources/library/rJava/libs/rJava.so, 6): Library not loaded: @rpath/libjvm.dylib
  Referenced from: /Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.4/Resources/library/rJava/libs/rJava.so
  Reason: image not found

谷歌搜索问题我发现一些帖子有点类似(但每次稍微不同的问题),这个SO问题是其中最有希望的.

由于提议的步骤需要适应我的情况,而且我是一个新手,我无法实现它们.我能做什么？

附加信息:

shell命令java -version返回:

java version "1.8.0_131"
Java(TM) SE Runtime Environment (build 1.8.0_131-b11)
Java HotSpot(TM) 64-Bit Server VM (build 25.131-b11, mixed mode)

并且shell命令R CMD javareconf返回:

Java interpreter …

解决!!

请参阅下面的解决方案,以防此问题在将来帮助其他人.

错误

正如标题所描述的那样,它失败了.我收到的错误,当我install.packages('rJava')从R内部尝试时(有一些先前的好检查):

checking whether JNI programs can be compiled... yes
checking JNI data types... configure: error: One or more JNI types differ from the corresponding native type. You may need to use non-standard compiler flags or a different compiler in order to fix this.
ERROR: configuration failed for package ‘rJava’
* removing ‘/usr/local/lib/R/3.2/site-library/rJava’

修复尝试

我检查并尝试了以下决议,其中没有一个对我有用:

• sudo R CMD javareconf

• 更详细的sudo R CMD javareconf

• export JAVA_HOME但是在这种情况下,我没有做LD_LIBRARY_PATH,因为它似乎与Mac无关.

没有这样的运气,任何这些尝试.

我曾经以前有rJava(和RJDBC)正确安装.

[编辑:我后来发现,实际问题是升级到OS X …

我在Mac OS Sierra上.

我已经尝试过 - 在OS X Mavericks上安装RODBC/ROracle软件包,但它没有帮助.

这就是我做的:

• 从http://www.oracle.com/technetwork/topics/intel-macsoft-096467.html下载- Basic,Sql plus,odbc
• 在instantclient_12_1中解压缩到我的主文件夹中
• ln -s libclntsh.dylib.12.1 libclntsh.dylib
• export DYLD_LIBRARY_PATH =/Users/dhananjaygoel/instantclient_12_1:$ DYLD_LIBRARY_PATH
• R CMD INSTALL --configure-args =' - with-oci-lib =/Users/dhananjaygoel/instantclient_12_1'ROracle_1.3-1.tar.gz

它给了我以下错误:

* installing to library ‘/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.3/Resources/library’
* installing *source* package ‘ROracle’ ...
** package ‘ROracle’ successfully unpacked and MD5 sums checked
configure: creating ./config.status
config.status: creating src/Makevars
** libs
clang -I/Library/Frameworks/R.framework/Resources/include -DNDEBUG -I/Users/dhananjaygoel/instantclient_12_1/sdk/include -I/usr/local/include -I/usr/local/include/freetype2 -I/opt/X11/include    -fPIC  -Wall -mtune=core2 -g -O2  -I/opt/local/include -c rodbi.c -o rodbi.o
rodbi.c:2432:53: warning: …