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在Rstudio 0.96中的R Markdown文件上按"Knit HTML"时会运行什么命令？

我的动机是,当我在另一个文本编辑环境中时,我可能想要运行相同的命令,或者我可能想要将命令组合成更大的命令makefile.

TL; DR

在RStudio 中使用knit()/ knit2pdf()代替"编译PDF" ¹按钮有什么(可能不需要的)副作用？

动机

大多数用户knitr似乎都在RStudio中编写文档,并使用"编译PDF"/"编织HTML"按钮编译文档.这大部分时间都可以顺利运行,但每隔一段时间就有一些使用编译按钮无法实现的特殊要求.在这些情况下,解决方案通常是直接调用knit()/ knit2pdf()/ rmarkdown::render()(或类似函数).

一些例子:

• 如何编织/ Sweave到不同的文件名？
• 有没有办法使用RStudio直接从工作区中编织降价？
• 使用RStudio Knit按钮在编织文档时在文件名中插入日期

使用knit2pdf()而不是"编译PDF"按钮通常提供这种问题的简单解决方案.然而,这是有代价的:"编译PDF" 在一个单独的过程和环境中处理文档有根本区别,而knit2pdf()朋友则不然.

这具有影响,问题在于并非所有这些影响都是显而易见的.以knit()使用全局环境中的对象的事实为例(而"编译PDF"没有)作为示例.在上述第二个例子的情况下,这可能是显而易见的,并且是期望的行为,但是当用于克服例如示例1和3中的问题时,这是意想不到的结果knit().

此外,还有更微妙的差异:

• 该工作目录可能无法按预期进行设置.
• 需要加载包.
• 通常由RStudio设置的某些选项可能具有意外值.

问题及其目标

每当我读/写使用的建议knit2pdf()而不是"编译PDF"时,我认为"正确,但用户应该理解后果......".

因此,这里的问题是:

在RStudio 中使用knit()/ knit2pdf()代替"编译PDF"按钮有什么(可能不需要的)副作用？

如果对这个问题有一个全面的(社区维基？)答案,可以将其与未来的建议联系起来knit2pdf().

相关问题

这个问题有很多相关的问题.然而,他们要么只提出代码(或多或少)重现RStudio按钮的行为,要么他们解释"基本上"发生了什么,而没有提到可能的陷阱.其他人看起来像是非常相似的问题,但结果却是一个(非常)特殊情况.一些例子:

• Knit2html没有复制R Studio中Knit HTML按钮的功能:缓存问题.
• 使用Rstudio中的knitr和命令行中的knit2html:Markdown版本之间的HTML输出是不同的.
• 如何将R Markdown转换为HTML？即,"编织HTML"在R96 0.96中做了什么？:Yihui的相当肤浅的答案(解释"基本上"发生了什么)以及一些选项如何重现RStudio按钮的行为.无论是建议 …

之前使用Rstudio'编织'按钮在html中很好地呈现的Markdown现在不会.这是windows,R3.4.1,以及更新的knitr和rmarkdown,整个上周工作正常.我有最小的.rprofile,并且在编织下面的最小文档之前没有加载任何包.一个'手动'编织如下工作,即gvisTable和mathjax在html中正确呈现,所以今天我的互联网连接不应该是一个问题(我也尝试了另一种连接,但没有不同):

knitr :: knit(in,out = md)markdown :: markdownToHTML(md,ht)

然而,以下(我相信'编织'按钮的作用,借用了"编织HTML"在Rstudio 0.98中做什么？)会引发错误

rmarkdown :: render(pp,'html_document','new_titel.html')

这里的错误消息相当长,所以我现在追加它,因为我缺乏声誉而对网址进行审查.我试过谷歌搜索,所以没有结果.帮助赞赏.

"C:/Program Files/RStudio/bin/pandoc/pandoc" +RTS -K512m -RTS tmp1.utf8.md --to html --from markdown+autolink_bare_uris+ascii_identifiers+tex_math_single_backslash --output new_titel.html --smart --email-obfuscation none --self-contained --standalone --section-divs --template "censored" --no-highlight --variable highlightjs=1 --variable "theme:bootstrap" --include-in-header "censored" --mathjax --variable "censored" 
pandoc.exe: Could not fetch censored
HttpExceptionRequest Request {
  host                 = "www.google.com"
  port                 = 443
  secure               = True
  requestHeaders       = []
  path                 = "/jsapi"
  queryString          = "?callback=displayChartTableID1d98417f33e7"
  method               = "GET"
  proxy                = Nothing
  rawBody              = …