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在Rstudio 0.96中的R Markdown文件上按"Knit HTML"时会运行什么命令？

我的动机是,当我在另一个文本编辑环境中时,我可能想要运行相同的命令,或者我可能想要将命令组合成更大的命令makefile.

TL; DR

在RStudio 中使用knit()/ knit2pdf()代替"编译PDF" ¹按钮有什么(可能不需要的)副作用？

动机

大多数用户knitr似乎都在RStudio中编写文档,并使用"编译PDF"/"编织HTML"按钮编译文档.这大部分时间都可以顺利运行,但每隔一段时间就有一些使用编译按钮无法实现的特殊要求.在这些情况下,解决方案通常是直接调用knit()/ knit2pdf()/ rmarkdown::render()(或类似函数).

一些例子:

• 如何编织/ Sweave到不同的文件名？
• 有没有办法使用RStudio直接从工作区中编织降价？
• 使用RStudio Knit按钮在编织文档时在文件名中插入日期

使用knit2pdf()而不是"编译PDF"按钮通常提供这种问题的简单解决方案.然而,这是有代价的:"编译PDF" 在一个单独的过程和环境中处理文档有根本区别,而knit2pdf()朋友则不然.

这具有影响,问题在于并非所有这些影响都是显而易见的.以knit()使用全局环境中的对象的事实为例(而"编译PDF"没有)作为示例.在上述第二个例子的情况下,这可能是显而易见的,并且是期望的行为,但是当用于克服例如示例1和3中的问题时,这是意想不到的结果knit().

此外,还有更微妙的差异:

• 该工作目录可能无法按预期进行设置.
• 需要加载包.
• 通常由RStudio设置的某些选项可能具有意外值.

问题及其目标

每当我读/写使用的建议knit2pdf()而不是"编译PDF"时,我认为"正确,但用户应该理解后果......".

因此,这里的问题是:

在RStudio 中使用knit()/ knit2pdf()代替"编译PDF"按钮有什么(可能不需要的)副作用？

如果对这个问题有一个全面的(社区维基？)答案,可以将其与未来的建议联系起来knit2pdf().

相关问题

这个问题有很多相关的问题.然而,他们要么只提出代码(或多或少)重现RStudio按钮的行为,要么他们解释"基本上"发生了什么,而没有提到可能的陷阱.其他人看起来像是非常相似的问题,但结果却是一个(非常)特殊情况.一些例子:

• Knit2html没有复制R Studio中Knit HTML按钮的功能:缓存问题.
• 使用Rstudio中的knitr和命令行中的knit2html:Markdown版本之间的HTML输出是不同的.
• 如何将R Markdown转换为HTML？即,"编织HTML"在R96 0.96中做了什么？:Yihui的相当肤浅的答案(解释"基本上"发生了什么)以及一些选项如何重现RStudio按钮的行为.无论是建议 …

我目前正在切换到pander我的大部分knitr-markdown格式,因为它提供了如此强大的pandoc支持.我不满意的一件事是默认的中心对齐.营销人员可能会喜欢它,但对于技术报告来说这是一个恐怖.

使用的最佳选择Hmisc是默认使用左对齐文本和日期,右对齐所有类型的数字.

是否有一种简单的方法可以全局设置pander？

library(pander)
pander(data.frame(
     name          = letters[1:3],
     size          = 1:3,
     we.have.dates = Sys.Date() - 1:3
 ))