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罗莎琳德“孟德尔第一定律”IPRB

作为即将到来的生物信息学课程的准备工作,我正在做一些来自 rosalind.info 的作业。我目前被困在任务“孟德尔第一定律”中。

我想我可以用蛮力来解决这个问题,但不知何故,我的想法一定太复杂了。我的方法是这样的:

构建一个具有三个级别的概率树。有两种生物交配,生物 A 和生物 B。第一级是,选择生物 A 纯合显性 (k)、杂合 (m) 或纯合隐性 (n) 的概率是多少。看起来,例如对于纯合优势,因为总共有 (k+m+n) 个生物,其中 k 是纯合优势,概率是 k/(k+m+n)。

然后在这棵树中,假设我们知道生物 A 被选为什么生物,那么在每个树下都会出现生物 B 为 k / m / n 的概率。例如,如果生物 A 被选为杂合 (m),那么生物 B 也是杂合的概率是 (m-1)/(k+m+n-1),因为现在剩下的杂合生物少了一个。

这将给出两个级别的概率,并且会涉及很多代码来实现这一点,因为我实际上是在构建树结构,并且为每个分支手动编写了该部分的代码。

在此处输入图片说明

现在在选择生物 A 和 B 后,它们每个都有两条染色体。可以随机挑选这些染色体之一。因此,对于 A,可以选择 1 或 2 号染色体,B 的染色体也相同。因此有 4 种不同的选择:选择 A 中的 1,B 中的 1。选择 A 中的 2,B 中的 1。选择 A 中的 1,B 中选择 2。 A 中的 2 个,B 中的 2 个。这些中的每一个的概率都是 1/4。所以最后这棵树会有这些叶子概率。

然后从那里以某种方式通过魔法我将所有这些概率相加,看看两个生物体产生具有显性等位基因的生物的概率是多少。

我怀疑这项任务是否需要花费数小时才能解决。我在想什么太难了?

更新:

以最荒谬的蛮力方式解决了这个问题。刚刚运行了数千次模拟交配并找出最终具有显性等位基因的部分,直到有足够的精度通过分配。 …

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