我使用检查点包进行可重复的数据分析。有些计算需要很长时间才能计算,所以我想并行运行它们。然而,当并行运行时,检查点未在工作线程上设置,因此我收到一条错误消息“没有名为 xy 的包”(因为它没有安装在我的默认库目录中)。
我如何确保每个工作人员都使用检查点文件夹中的包版本?我尝试在 foreach 代码中设置 .libPaths 但这似乎不起作用。我还希望在全局范围内设置检查点/libPaths 一次,而不是在每个 foreach 调用中设置一次。
另一种选择可能是更改 .Rprofile 文件,但我不想这样做。
checkpoint::checkpoint("2018-06-01")
library(foreach)
library(doFuture)
library(future)
doFuture::registerDoFuture()
future::plan("multisession")
l <- .libPaths()
# Code to run in parallel does not make much sense of course but I wanted to keep it simple.
res <- foreach::foreach(
x = unique(iris$Species),
lib.path = l
) %dopar% {
.libPaths(lib.path)
stringr::str_c(x, "_")
}
Run Code Online (Sandbox Code Playgroud)
{ 中的错误:任务 2 失败 - “没有名为‘stringr’的包”