相关疑难解决方法(0)

如何在bash脚本中使用并行编程/多线程?

这是我的脚本:

#!/bin/bash
#script to loop through directories to merge fastq files
sourcedir=/path/to/source
destdir=/path/to/dest

for f in $sourcedir/*
do
    fbase=$(basename "$f")
    echo "Inside $fbase"
    zcat $f/*R1*.fastq.gz | gzip > $destdir/"$fbase"_R1.fastq.gz
    zcat $f/*R2*.fastq.gz | gzip > $destdir/"$fbase"_R2.fastq.gz
done
Run Code Online (Sandbox Code Playgroud)

这里目录'source'中有大约30个子目录.每个子目录都有一些R1 .fastq.gz文件和R2 .fastq.gz,我想将它们合并到一个R1.fastq.gz和R2.fastq.gz文件中,然后将合并后的文件保存到目标目录.我的代码工作正常,但由于数据量的原因,我需要加快速度.我只想知道有什么办法可以在我的脚本中实现多线程编程吗?如何运行我的脚本以便多个作业并行运行?bash脚本新手,所以任何帮助将不胜感激.

parallel-processing bash multithreading fastq

10
推荐指数
1
解决办法
2万
查看次数

标签 统计

bash ×1

fastq ×1

multithreading ×1

parallel-processing ×1