相关疑难解决方法(0)

我已经安装了Miniconda,并已将环境变量添加export PATH="/home/username/miniconda3/bin:$PATH"到我的.bachrc,.bash_profile但仍然无法在我的终端中运行任何conda命令.

我错过了另一个设置吗？我顺便使用zsh.

 gonzo ? ~/a/packages ? conda env list
# conda environments:
#
ppo_latest               /nohome/jaan/abhishek/anaconda3/envs/ppo_latest
root                  *  /nohome/jaan/abhishek/anaconda3

 gonzo ? ~/a/packages ? conda activate ppo_latest
 gonzo ? ~/a/packages ? which python                                                                                     (ppo_latest)
/nohome/jaan/abhishek/anaconda3/bin/python
 gonzo ? ~/a/packages ? conda deactivate                                                                                 (ppo_latest)
 gonzo ? ~/a/packages ? which python
/nohome/jaan/abhishek/anaconda3/bin/python

环境被激活而没有错误.然后我们检查它指的是哪个python.它不会改变,为什么？

当使用anaconda(安装为python)时,当我切换到虚拟环境时:

source activate my_env

它会改变我的提示并在我的PS1开头添加(my_env).

我已经尝试添加export VIRTUAL_ENV_DISABLE_PROMPT=1到我的bashrc,但它没有帮助.

任何的想法？

我不得不在Windows 10中使用python 3.5安装64位版本的Anaconda.我遵循默认设置(AppData/Continuum/Anaconda3).但是,安装后,我不确定如何访问Anaconda命令提示符,以便我可以使用conda来安装软件包.我还尝试安装Anaconda 64位,C:/Program Files,但是几个python脚本不喜欢这个空间而且无法安装.

如何访问Anaconda提示符？

我刚刚在OS X Lion上安装了mysql server 5.5.20,一切正常.现在,每次进入终端我都要明确写:

PATH=${PATH}:/usr/local/mysql/bin

因为在我离开命令行后没有被保存.我不知道为什么会这样.

想法？

我已经在我的MAC笔记本电脑上安装了anaconda,并试图运行jupyter笔记本来安装它,但我得到错误jupyter命令未找到.

我正在尝试通过 Anaconda 为 Python 创建一个新的环境。但错误不断出现：

Solving environment: failed

# >>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> ERROR REPORT <<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<<

    OSError: [Errno 122] Disk quota exceeded

我使用下面的句子来创建新环境：

conda create --name cpost python=2.7 numpy=1.9

我知道这可能与工作目录有关，工作目录在磁盘配额方面确实受到限制。所以我将Anaconda目录完全复制到一个更大的磁盘配额目录中，并尝试再次创建。同样的错误也出来了。当我检查错误信息时，我注意到以下几行：

$ /nuist/u/home/liangxz/anaconda3/bin/conda create --name cpost python=2.7 numpy=1.9`

  environment variables:
                 CIO_TEST=<not set>
               CONDA_ROOT=/nuist/u/home/liangxz/anaconda3
               MODULEPATH=/nuist/p/public/app/Modules/modulefiles/app:/nuist/p/public/app/Module
                          s/modulefiles/compiler:/nuist/p/public/app/Modules/modulefiles/lib:/nu
                          ist/p/public/app/Modules/modulefiles/mpi
                     PATH=/nuist/u/home/liangxz/anaconda3/bin:/nuist/p/public/intel/compilers_an
                          d_libraries_2018.0.128/linux/bin/intel64:/nuist/p/public/intel/compile
                          rs_and_libraries_2018.0.128/linux/mpi/intel64/bin:/nuist/p/public/pgi/
                          linux86-64/17.10/bin:/nuist/p/public/pgi/linux86-64/17.10/bin:/opt/xca
                          t/bin:/opt/xcat/sbin:/opt/xcat/share/xcat/tools:/usr/lib64/qt-3.3/bin:
                          /opt/confluent/bin:/usr/local/sbin:/usr/local/bin:/usr/sbin:/usr/bin:/
                          opt/ibutils/bin:/usr/lpp/mmfs/bin:/root/bin:/opt/pbs/default/bin:/nuis
                          t/u/home/liangxz/.local/bin:/nuist/u/home/liangxz/bin
       REQUESTS_CA_BUNDLE=<not set>
            SSL_CERT_FILE=<not set>

     active environment : None
       user config file : /nuist/u/home/liangxz/.condarc
 populated config files :
          conda version : 4.5.4
    conda-build version : 3.10.5
         python version : 3.6.5.final.0
       base …

我在 Pycharm 中设置了一个项目，具有现有的 conda 环境。我的脚本在控制台内运行时可以工作。

我希望能够python -m path_to_my_script/script.py从任何位置运行，但我需要激活 conda。Conda 建议我这样做conda init，但我担心它可能会改变某个地方的设置并破坏东西。

有什么conda init作用？

我希望使用anaconda分发ipython,但ipython在终端输入会产生一条错误消息:

Traceback (most recent call last):
  File "/usr/local/bin/ipython", line 5, in <module>
    from pkg_resources import load_entry_point
  File "/System/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/Extras/lib/python/pkg_resources.py", line 2603, in <module>
    working_set.require(__requires__)
  File "/System/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/Extras/lib/python/pkg_resources.py", line 666, in require
    needed = self.resolve(parse_requirements(requirements))
  File "/System/Library/Frameworks/Python.framework/Versions/2.7/Extras/lib/python/pkg_resources.py", line 565, in resolve
    raise DistributionNotFound(req)  # XXX put more info here
pkg_resources.DistributionNotFound: ipython==0.13.1

.bash_profile如下所示添加PATH 会产生相同的错误消息.要求which python生产//anaconda/bin/python和which ipython生产/usr/local/bin/ipython.我如何解决这个问题,以便ipython启动anaconda ipython？

# MacPorts Installer addition on 2012-11-03_at_23:50:01: adding an appropriate PATH variable for use with …

我的 Jupyter 笔记本和 Conda 出现故障，所以我决定删除所有内容并重新安装。

我使用brew cask install anaconda Afterward安装了 anaconda ，我添加export PATH="/usr/local/anaconda3/bin:$PATH"了我的.bash_profile （本说明中的所有内容）

但是，当我输入时，conda --version它说 -bash: /Users/leonard/anaconda3/bin/conda: No such file or directory

1. 为什么会发生这种情况，我该如何解决？

2. 我只想让我的 Jupyter 笔记本、R 和 Python 正常工作。是否可以在不使用 Anaconda 的情况下使用这些？我遇到了很多麻烦。

我正在探索一些生物信息学数据，我喜欢尽可能使用 R 笔记本（即 Rmarkdown）。现在，我需要使用命令行工具来分析 VCF 文件，我想通过 Rmarkdown 笔记本中的 Bash 代码块来进行分析。

问题是我要使用的命令已安装conda到我的 conda 环境中。该工具是bcftools。当我尝试访问此命令时，出现此错误（代码块被注释掉以显示 rmarkdown 代码块格式）：

#```{bash}
bcftools view -H test.vcf.gz
#```

/var/folders/9l/phf62p1s0cxgnzp4hgl7hy8h0000gn/T/RtmplzEvEh/chunk-code-6869322acde0.txt: line 3: bcftools: command not found

而如果我从终端运行，我会得到输出（使用名为“binfo”的 conda 环境）：

> bcftools view -H test.vcf.gz | head -n 3
chr10   78484538    .   A   C   .   PASS    DP=57;SOMATIC;SS=2;SSC=16;GPV=1;SPV=0.024109    GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4 0/0:.:34:33:0:0%:0,33,0,0   0/1:.:23:19:4:17.39%:1,18,0,4
chr12   4333138 .   G   T   .   PASS    DP=119;SOMATIC;SS=2;SSC=14;GPV=1;SPV=0.034921   GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4 0/0:.:72:71:1:1.39%:71,0,1,0    0/1:.:47:42:5:10.64%:42,0,5,0
chr15   75086860    .   C   T   .   PASS    DP=28;SOMATIC;SS=2;SSC=18;GPV=1;SPV=0.013095    GT:GQ:DP:RD:AD:FREQ:DP4 0/0:.:15:15:0:0%:4,11,0,0   0/1:.:13:8:5:38.46%:5,3,1,4
(binfo)

那么，如何从 R …

我刚刚尝试使用终端使用 Home-brew 安装 Anaconda，并收到以下消息：

L-MBP:agda-stdlib le$ brew install conda 
Updating Homebrew...
Error: No available formula with the name "conda"

==> Searching for a previously deleted formula (in the last month)...
Warning: homebrew/core is shallow clone. To get complete history run:
  git -C "$(brew --repo homebrew/core)" fetch --unshallow
Error: No previously deleted formula found.

==> Searching for similarly named formulae...
Error: No similarly named formulae found.

==> Searching taps...
==> Searching taps on GitHub...
Error: No formulae found in taps.

L-MBP:agda-stdlib …

我已经在 linux 中使用 conda 创建了自己的环境。当我检查时conda info --envs，它给出了一个环境列表，如

# conda environments:
#
base                  *  /home1/sriparna/anaconda3
copy_Env_deepgo          /home1/sriparna/anaconda3/envs/copy_Env_deepgo
deepgo_2                 /home1/sriparna/anaconda3/envs/deepgo_2
deepgo_3                 /home1/sriparna/anaconda3/envs/deepgo_3
enzy                     /home1/sriparna/anaconda3/envs/enzy
parth                    /home1/sriparna/anaconda3/envs/parth
protein_struc            /home1/sriparna/anaconda3/envs/protein_struc
py2                      /home1/sriparna/anaconda3/envs/py2

但我无法激活特定环境。例如，当我尝试conda activate parth它时显示

CommandNotFoundError: Your shell has not been properly configured to use 'conda activate'.
To initialize your shell, run

    $ conda init <SHELL_NAME>

Currently supported shells are:
  - bash
  - fish
  - tcsh
  - xonsh
  - zsh
  - powershell

See 'conda init --help' for more information and …