如何使用Bash迭代文本文件的每一行?
使用此脚本:
echo "Start!"
for p in (peptides.txt)
do
echo "${p}"
done
Run Code Online (Sandbox Code Playgroud)
我在屏幕上看到这个输出:
Start!
./runPep.sh: line 3: syntax error near unexpected token `('
./runPep.sh: line 3: `for p in (peptides.txt)'
Run Code Online (Sandbox Code Playgroud)
(后来我想做一些$p比输出到屏幕更复杂的事情.)
环境变量SHELL是(来自env):
SHELL=/bin/bash
Run Code Online (Sandbox Code Playgroud)
/bin/bash --version 输出:
GNU bash, version 3.1.17(1)-release (x86_64-suse-linux-gnu)
Copyright (C) 2005 Free Software Foundation, Inc.
Run Code Online (Sandbox Code Playgroud)
cat /proc/version 输出:
Linux version 2.6.18.2-34-default (geeko@buildhost) (gcc version 4.1.2 20061115 (prerelease) (SUSE Linux)) #1 SMP Mon Nov 27 11:46:27 UTC 2006
Run Code Online (Sandbox Code Playgroud)
文件peptides.txt包含:
RKEKNVQ
IPKKLLQK
QYFHQLEKMNVK …Run Code Online (Sandbox Code Playgroud) 目前我使用sed打印文件的所需部分.例如,我使用了以下命令
sed -n 89001,89009p file.xyz
Run Code Online (Sandbox Code Playgroud)
但是,随着文件大小的增加,它的速度非常慢(我的文件目前是6.8 GB).我试图按照此链接使用该命令
sed -n '89001,89009{p;q}' file.xyz
Run Code Online (Sandbox Code Playgroud)
但是,此命令仅打印第89001行.请帮助我.