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运行BLAST(bl2seq)而不创建序列文件

我有一个执行BLAST查询的脚本(bl2seq)

该脚本的工作方式如下:

  1. 获取序列a,序列b
  2. 将序列a写入filea
  3. 将序列b写入fileb
  4. 运行命令'bl2seq -i filea -j fileb -n blastn'
  5. 从STDOUT获取输出,解析
  6. 重复2000万次

程序bl2seq不支持管道.有没有办法做到这一点,避免写入/读取硬盘?

我正在使用Python BTW.

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