在python中构建依赖图

Joh*_*y19 15 python dependencies graph

我想知道python是否有一些内置库(或网上的任何库..)那将为我创建一个依赖图?我有一个这样格式的文件

A::Requires         = ""
B::Requires     = A
C::Requires     = B
H::Requires     = A

AA::Requires         = ""
BB::Requires         = AA
C::Requires     = B

CC::Requires    = BB
Run Code Online (Sandbox Code Playgroud)

理想情况下,我希望有像这样的树:

A
 +-B
   +-C
 +-H

AA
 +-BB
   +-CC
Run Code Online (Sandbox Code Playgroud)

所以基本上是一个lib,我将提供一个元组(A,B)或(A,H),它将为我构建树?如果这样的lib不存在,那么实现类似的东西会更简单吗?

谢谢

The*_*eke 15

假设您输入的内容以字符串形式给出raw:

import networkx as nx
import re

regex = re.compile(r'^([A-Z]+)::Requires\s+=\s([A-Z"]+)$')

G = nx.DiGraph()
roots = set()
for l in raw.splitlines():
    if len(l):
        target, prereq = regex.match(l).groups()
        if prereq == '""':
            roots.add(target)
        else:
            G.add_edge(prereq, target)
Run Code Online (Sandbox Code Playgroud)

现在打印树:

for s in roots:
    print s
    spacer = {s: 0}
    for prereq, target in nx.dfs_edges(G, s):
        spacer[target] = spacer[prereq] + 2
        print '{spacer}+-{t}'.format(
                                     spacer=' ' * spacer[prereq],
                                     t=target)
    print ''
Run Code Online (Sandbox Code Playgroud)

这打印:

A
+-H
+-B
  +-C

AA
+-BB
  +-CC
Run Code Online (Sandbox Code Playgroud)

这要求通过所有根来呈现root::Requires = "",以便它们被识别.


Bel*_*gor 13

试试其中一个:

graph-tool很难安装(它需要大量的内存用于编译,我认为它大约有5GB的RAM和大约12小时的编译).

networkx相当不错.

igraph从他们的页面引用:igraph是一个免费的软件包,用于创建和操纵无向和有向图.它包括经典图形理论问题的实现,如最小生成树和网络流,并且还实现了一些最近的网络分析方法的算法,如社区结构搜索.

我一直在使用它们.这实际上取决于你究竟需要什么.如果你需要它们的东西就像依赖项一样简单,那么你要使用哪一个并不重要,不过,如果你需要更短更轻的东西,我会建议你使用avoud graph-tool.

  • 恕我直言,igraph 并不是为生物学研究而设计的。它是为任何类型的网络而设计的。 (2认同)