通过调用datadist()+ options()设置rms时测试失败

Question

我正在尝试使用该testthat软件包进行一些单元测试,但我似乎无法让它与rms软件包一起正常工作.以下示例:

library(rms)
set.seed(10)
ds <- data.frame(
  ftime = rexp(200),
  fstatus = sample(0:1,200,replace=TRUE),
  x1 = runif(200),
  x2 = runif(200),
  x3 = factor(sample(LETTERS[1:3], size=200, replace=TRUE)))


ddist <- datadist(ds)
options(datadist="ddist")

s <- Surv(ds$ftime, ds$fstatus == 1)
fit <- cph(s ~ x1 + x2 + x3, data=ds)

返回此错误:

设计错误(eval.parent(m)):找不到选项的数据集ddist(datadist =)

即使print(ddist)工作,选项("datadist")返回适当的变量.是否testthat有导致错误的不同变量范围？

更新

我在我的包dir(Eclipse StatET)中启动了一个R控制台运行testthat:

library(testthat)
test_dir("inst/tests")
q()

R CMD检查发生相同的错误--as-cran

Answer 1

虽然@agstudy 的建议是正确的，但我已经通过使用<<-运算符将变量分配给全局环境，为该错误找到了一个简单的解决方法，这是一个有效的测试文件：

set.seed(10)
n <- 11
ds <- data.frame(
  y = rnorm(n),
  x1 = factor(sample(c("a", "aa", "aaa"), size = n, replace = TRUE)))

suppressMessages(library(rms))
dd <<- datadist(ds)
options(datadist = "dd")

context("rms")
test_that("test", {
  fit <- ols(y ~ x1, data=ds)
  s <- summary(fit)
  expect_true(inherits(s, "summary.rms"))
})

如果您碰巧在以下范围内进行分配，这也适用test_that：

context("rms")
test_that("test", {
  set.seed(10)
  n <- 11
  ds <- data.frame(
    y = rnorm(n),
    x1 = factor(sample(c("a", "aa", "aaa"), size = n, replace = TRUE)))

  suppressMessages(library(rms))
  dd <<- datadist(ds)
  options(datadist = "dd")

  fit <- ols(y ~ x1, data=ds)
  s <- summary(fit)
  expect_true(inherits(s, "summary.rms"))
})

这也相当于下面的代码（也许更容易理解）：

env <- globalenv() # Grab the global environment
env$dd <- datadist(ds) # Assign the datadist to it

如果您想了解有关环境如何工作的更多信息，我可以推荐 Hadley 对该主题的优秀高级 R 报道。我发现这解释了我遇到的许多问题。

Answer 2

是的，正如错误所暗示的那样，这是一个范围问题。

一个可能的解决方法是定义您的ds呼叫位置test_dir

例如您创建文件，runtest.R如下所示

library(rms)
set.seed(10)
ds <- data.frame(
  ftime = rexp(200),
  fstatus = sample(0:1,200,replace=TRUE),
  x1 = runif(200),
  x2 = runif(200),
  x3 = factor(sample(LETTERS[1:3], size=200, replace=TRUE)))
ddist <- datadist(ds)
options(datadist="ddist")
library(testthat)
test_dir("inst/tests")