由于XML,R不会停止占用内存/ RAM

Question

由于XML,R不会停止占用内存/ RAM

我有一个双循环,如下所示 的问题是R(2.15.2)使用越来越多的内存,我不明白为什么.

虽然我知道这必须在内循环中发生,因为rbind()我在那里做,我不明白为什么R在外循环的新循环开始时实际上重复使用对象('xmlCatcher')时继续抓取内存:

# !!!BEWARE this example creates a lot of files (n=1000)!!!!

require(XML)

chunk <- function(x, chunksize){
        # source: http://stackoverflow.com/a/3321659/1144966
        x2 <- seq_along(x)
        split(x, ceiling(x2/chunksize))
    }

chunky <- chunk(paste("test",1:1000,".xml",sep=""),100)

for(i in 1:1000){
writeLines(c(paste('<?xml version="1.0"?>\n <note>\n    <to>Tove</to>\n    <nr>',i,'</nr>\n    <from>Jani</from>\n    <heading>Reminder</heading>\n    ',sep=""), paste(rep('<body>Do not forget me this weekend!</body>\n',sample(1:10, 1)),sep="" ) , ' </note>')
,paste("test",i,".xml",sep=""))
}

for(k in 1:length(chunky)){
gc()
print(chunky[[k]])
xmlCatcher <- NULL

for(i in 1:length(chunky[[k]])){
    filename    <- chunky[[k]][i]
    xml         <- xmlTreeParse(filename)
    xml         <- xmlRoot(xml)
    result      <- sapply(getNodeSet(xml,"//body"), xmlValue)
    id          <- sapply(getNodeSet(xml,"//nr"), xmlValue)
    dummy       <- cbind(id,result)
    xmlCatcher  <- rbind(xmlCatcher,dummy)
    }
save(xmlCatcher,file=paste("xmlCatcher",k,".RData"))
}

Run Code Online (Sandbox Code Playgroud)

有人知道为什么会出现这种行为吗？请注意,所有对象(如'xmlCatcher')在每个周期都会重复使用,因此我假设在第一个"块"周期后使用的RAM应该保持不变.

垃圾收集不会改变一件事.
不使用rbind不会改变一件事.
使用较少的xml函数实际上会减少内存占用 - 但为什么呢？

这是一个错误还是我错过了什么？

Answer 1

Rom*_*ois 7

你对重用记忆的理解是很好的.

当您创建新的DummyCatcher时,旧的DummyCatcher不再被引用,然后成为垃圾收集的候选者,这将在某个时刻发生.

你没有重用内存,你正在创建一个新对象并放弃旧对象.

垃圾收集将释放内存.

此外,我建议你看看Rprofmem来描述你的记忆使用情况.

归档时间：	12 年，10 月前
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