在R中导入多个文件时自动对象命名

Question

因此,我下载了一个包含900个txt文件的数据集,每个文件对应一个生物样本.我想要做的是将所有这些数据合并到R中的一个数据矩阵中.

txt_files = list.files()

# read txt files into a list 
for (i in length(txt_files)){
  x <- read.table(file=txt_files[i], sep="\t", header=TRUE, row.name=1)
}

所有文件都在一个文件夹中,因此我list.files()用来查询所有文件名.然后我想将每个表读入一个单独的R对象(在本例中称为x).问题是我想在实际文件的名称之后命名每个对象而不是x.

我尝试了几件事并尝试搜索互联网,但尚未找到解决方案.我找到的一件事是使用lapply将它们全部导入数据列表.

data_list = lapply(txt_files, read.table, sep = "\t")

但是,我不认为这对我来说是合适的,因为此后数据矩阵不再可用.我希望有一个人可以帮助我.

Answer 1

命名连接(尤其是顺序)事物通常是一件坏事.接下来你要做的就是遍历这些东西,这意味着通过将位粘贴在一起来构造名称.一团糟.

尽可能将内容存储在列表中.你做到了.我创建了一些CSV文件:

> txt_files=c("f1.txt","f2.txt","f3.txt","f4.txt","f5.txt")
> data_list = lapply(txt_files, read.table, sep = ",")
> data_list[[1]]
  V1 V2 V3
1  1  2  3
> data_list[[3]]
  V1 V2 V3
1  1  2  3
2  5  4  3
3  1  2  3

所以现在我可以使用它来循环它们for(i in 1:length(txt_files))并获取文件的名称,txt_files[i]依此类推:

> for(i in 1:length(txt_files)){
+ cat("File is ",txt_files[i],"\n")
+ print(summary(data_list[[i]]))
+ }

File is  f1.txt 
       V1          V2          V3   
 Min.   :1   Min.   :2   Min.   :3  
 1st Qu.:1   1st Qu.:2   1st Qu.:3  
 Median :1   Median :2   Median :3  
 Mean   :1   Mean   :2   Mean   :3  
 3rd Qu.:1   3rd Qu.:2   3rd Qu.:3  
 Max.   :1   Max.   :2   Max.   :3  
File is  f2.txt 
       V1          V2          V3   
 Min.   :1   Min.   :2   Min.   :3  
 1st Qu.:1   1st Qu.:2   1st Qu.:3  
 Median :1   Median :2   Median :3  
 Mean   :1   Mean   :2   Mean   :3  
 3rd Qu.:1   3rd Qu.:2   3rd Qu.:3  
 Max.   :1   Max.   :2   Max.   :3  
 ...

[等等]