python中是否有任何采用距离矩阵的好的层次聚类包？

Question

我有一个由成对的 levenshtein 距离组成的距离矩阵。我正在使用 scikits-learn。但是层次聚类算法不以距离矩阵作为聚类的输入。所以我必须寻找一个可以做到这一点的新包。

是否有任何快速且经过良好测试的软件包用于层次聚类？

Answer 1

该scipy.cluster.hierarchy.ward函数（在不需要连接约束时用作sklearn's 的支持实现Ward）可以接受观察和预先计算的距离（有关更多详细信息，请参阅在线文档）。它只是尚未在sklearn的 API 中公开。