bio*_*ios 6 python optimization inline cython
我有Cython的以下内联函数
cpdef inline int c_rate2recs_2(int maxNN,int idx):
cdef int out=idx%maxNN
return out
Run Code Online (Sandbox Code Playgroud)
然而,这转化为
/*
* return out
*
* cpdef inline int c_rate2recs_2(int maxNN,int idx): # <<<<<<<<<<<<<<
* cdef int out=idx%maxNN
* return out
*/
static PyObject *__pyx_pw_6kmc_cy_5c_rate2recs_2(PyObject *__pyx_self, PyObject *__pyx_args, PyObject *__pyx_kwds); /*proto*/
static CYTHON_INLINE int __pyx_f_6kmc_cy_c_rate2recs_2(int __pyx_v_maxNN, int __pyx_v_idx, CYTHON_UNUSED int __pyx_skip_dispatch) {
int __pyx_v_out;
int __pyx_r;
__Pyx_TraceDeclarations
__Pyx_RefNannyDeclarations
__Pyx_RefNannySetupContext("c_rate2recs_2", 0);
__Pyx_TraceCall("c_rate2recs_2", __pyx_f[0], 984);
/*
* return out
*
* cpdef inline int c_rate2recs_2(int maxNN,int idx): # <<<<<<<<<<<<<<
* cdef int out=idx%maxNN
* return out
*/
static PyObject *__pyx_pf_6kmc_cy_4c_rate2recs_2(CYTHON_UNUSED PyObject *__pyx_self, int __pyx_v_maxNN, int __pyx_v_idx) {
PyObject *__pyx_r = NULL;
__Pyx_TraceDeclarations
__Pyx_RefNannyDeclarations
__Pyx_RefNannySetupContext("c_rate2recs_2", 0);
__Pyx_TraceCall("c_rate2recs_2", __pyx_f[0], 984);
__Pyx_XDECREF(__pyx_r);
__pyx_t_1 = PyInt_FromLong(__pyx_f_6kmc_cy_c_rate2recs_2(__pyx_v_maxNN, __pyx_v_idx, 0)); if (unlikely(!__pyx_t_1)) {__pyx_filename = __pyx_f[0]; __pyx_lineno = 984; __pyx_clineno = __LINE__; goto __pyx_L1_error;}
__Pyx_GOTREF(__pyx_t_1);
__pyx_r = __pyx_t_1;
__pyx_t_1 = 0;
goto __pyx_L0;
__pyx_r = Py_None; __Pyx_INCREF(Py_None);
goto __pyx_L0;
__pyx_L1_error:;
__Pyx_XDECREF(__pyx_t_1);
__Pyx_AddTraceback("kmc_cy.c_rate2recs_2", __pyx_clineno, __pyx_lineno, __pyx_filename);
__pyx_r = NULL;
__pyx_L0:;
__Pyx_XGIVEREF(__pyx_r);
__Pyx_TraceReturn(__pyx_r);
__Pyx_RefNannyFinishContext();
return __pyx_r;
}
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由于我是cython业务的新手,我想知道如何摆脱大多数Python命令(cython -a将此内联标记为远离纯C).
由于我是 cython 业务的新手,我想知道如何摆脱大多数 python 命令(cython -a 将此内联标记为与纯 C 相去甚远)
诀窍在于,如果你可以调用你的函数nogil;
cpdef inline int c_rate2recs_2(int maxNN,int idx) nogil:
cdef int out=idx%maxNN
return out
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那么无论你看到什么黄色,实际上通常都不会进入Python。例如,这可能是一个错误情况,也可能只是其他类型的温和检查。对于 a cpdef,不仅创建了一个纯 C 函数,还创建了一个 Python 别名以便从 Python 作用域进行调用。这不会影响速度。
在这种情况下,针对手动内联循环的一些计时没有显示出速度减慢,并且删除inline对时间也没有任何作用。我想一个更难优化的案例可能会表现出不同的特征,但关键是分析。
最后,可以通过使用编译器指令来加快速度并消除一些错误检查。