将每个数据帧行除以R中的向量

Question

我试图将数据框中的每个数字除以16列,每列的特定数字.数字被存储为数据帧,其中1-16对应于较大数据帧列1-16中的样本.每列只有一个数字,我需要在较大的电子表格中除以每个数字,然后将输出打印到最终的电子表格中.

这是我开始时的例子.要分割的电子表格.

            X131.478.1 X131.478.2 X131.NSC.1 X131.NSC.2 X166.478.1 X166.478.2
1/2-SBSRNA4          4          2          2          6          7          6
A1BG                93         73         88         86         58         65
A1BG-AS1           123        103         96        128         46         57

用于划分电子表格的数字

X131.478.1 1.0660880
X131.478.2 0.9104053
X131.NSC.1 0.8642545
X131.NSC.2 0.9611866
X166.478.1 0.9711406
X166.478.2 1.0560121

而预期的结果,不一定像我在这里所做的那样.

    X131.478.1 X131.478.2 X131.NSC.1 X131.NSC.2 X166.478.1 X166.478.2
1/2-SBSRNA4          3.75          2.19          2.31          6.24          7.20         5.68
A1BG                87.23         80.17         101.82         89.47         59.72         61.55
A1BG-AS1           115.37        113.13         111.07        133.16         47.36         53.97

我尝试简单地将数据帧mx2 = mx/sf除以mx为大数据集,sf为要除数的数据帧.这似乎将所有内容除以sf数据集中的第一个数字.

划分的数字由estimateSizeFactors生成,如果有帮助的话,它是DESeq包的一部分.

任何帮助都会很棒.谢谢!

Answer 1

sweep对这些类型的操作很有用.例如,一些虚拟数据,我们将矩阵各列中的每个元素除以mat向量中的相应值vec:

mat <- matrix(1:25, ncol = 5)
vec <- seq(2, by = 2, length = 5)

sweep(mat, 2, vec, `/`)

在使用中我们有:

> mat
     [,1] [,2] [,3] [,4] [,5]
[1,]    1    6   11   16   21
[2,]    2    7   12   17   22
[3,]    3    8   13   18   23
[4,]    4    9   14   19   24
[5,]    5   10   15   20   25
> vec
[1]  2  4  6  8 10
> sweep(mat, 2, vec, `/`)
     [,1] [,2]     [,3]  [,4] [,5]
[1,]  0.5 1.50 1.833333 2.000  2.1
[2,]  1.0 1.75 2.000000 2.125  2.2
[3,]  1.5 2.00 2.166667 2.250  2.3
[4,]  2.0 2.25 2.333333 2.375  2.4
[5,]  2.5 2.50 2.500000 2.500  2.5
> mat[,1] / vec[1]
[1] 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5

Answer 2

假设我们有一个数据框df：

> df
  a b   c
1 1 3 100
2 2 4 110

我们想用相同的向量划分每一行vec：

> vec <- df[1,]
> vec
  a b   c
1 1 3 100

那么我们可以mapply如下使用：

> mapply('/', df, vec)
     a        b   c
[1,] 1 1.000000 1.0
[2,] 2 1.333333 1.1