阅读R中的有向图

Question

我无法阅读/创建有向图.我按照我在这里找到的步骤进行操作.

这是我的文本文件graph.txt:

现在我读了这个graph.txt:

library("igraph")
xlist<-read.graph("graph.txt", format="edgelist")

然后我绘制它:

plot(xlist)

但这不是我读入xlist的图表:

如您所见,1-> 2,1-> 3,5-> 10之间没有边缘,依此类推.如何正确阅读有向图？

完成此操作后,如何显示两个节点之间的所有最短路径？

Answer 1

这对我来说似乎很好:

 xlist<-read.table("graph.txt")
 xlist <- graph.data.frame(xlist)
 plot(xlist)

注意R更改节点并将它们从零向上编入索引(不是在最近的igraph更新中,如下面的@Sacha Epskamp评论).使用:

plot(xlist, vertex.label= V(xlist)$name)

你会看到你想要的名字.即1到2之间的边缘.

绘制最短路径的一种方法是使用get.all.shortest.paths,然后使用它来对图形进行子集化并将其绘制成过度.有关类似示例,请参阅我对此问题的回答,其中我绘制了生成树.

Answer 2

出错的原因是边列表文件(即格式"edgelist")将顶点从零开始编号.这在所有igraph版本中都是相同的,即使最近的R igraph包从一个顶点编号.

原因是我们希望R igraph与Python igraph和C igraph一致,就文件格式而言.即由igraph和Python igraph以相同的方式解释由Python绘制的文件(在本例中为边缘列表文件).从零开始的编号是文件格式的属性.

如果你已经有一个边缘列表文件,它开始用一个顶点编号,那不是igraph edgelist文件格式,你需要转换它,只需从每个顶点id中减去一个.

解决方法是使用scan()或读取文件read.table()(scan()更快,如果您有大文件可能很重要),然后graph()直接调用.在这种情况下,您不需要减去一个,因为在R igraph中,顶点ID从一个编号.