导入Cython模块的未定义符号错误

Question

我想将我的一个c ++类作为Python模块提供.该类在头文件中声明,Foo.h并以.cpp实现Foo.cpp.(g ++ - 4.5,Ubuntu x86_64).这是一个非常简单的课程:

Foo.cpp:

Foo::Foo() : alfa(1.0), beta(1)
{

}

Foo::~Foo()
{
}

Foo.h:

 class Foo
 {
 public:

  Foo()
  Foo(const Foo& orig);
  ~Foo();
  double alfa;
  int beta; 
 };

我创建了一个setup.py如Cython教程中所示:

setup.py

from distutils.core import setup
from distutils.extension import Extension
from Cython.Distutils import build_ext

setup(
  name = 'MyDemo',
  ext_modules=[
    Extension("Foo"
          sources=["Foo.pyx"], 
          include_dirs=[".","../eigen/"],
          language="c++"),
    ],
  cmdclass = {'build_ext': build_ext},
)

并按照cython教程的指示编写我的Foo.pyxcython模块:

Foo.pyx

cdef extern from "Foo.h":
    ctypedef struct c_Foo "Foo":
        double alfa
    c_Foo *new_Foo "new Foo" ()
    void del_Foo "delete" (c_Foo *myfoo)

cdef class Foo:
    cdef c_Foo *thisptr      # hold a C++ instance which we're wrapping
    def __cinit__(self):
         self.thisptr = new_Foo()
    def __dealloc__(self):
         del_Foo(self.thisptr)

我使用以下命令编译它: python setup.py build_ext --inplace

running build_ext
skipping 'Foo.cpp' Cython extension (up-to-date)
building 'Foo extension
gcc -pthread -fno-strict-aliasing -DNDEBUG -g -fwrapv -O2 -Wall -Wstrict-prototypes -fPIC -I. -I../eigen/ -I/usr/include/python2.6 -c Foo.cpp -o build/temp.linux-x86_64-2.6/Foo.o
cc1plus: warning: command line option "-Wstrict-prototypes" is valid for Ada/C/ObjC but not for C++
g++ -pthread -shared -Wl,-O1 -Wl,-Bsymbolic-functions build/temp.linux-x86_64-2.6/Foo.o -o /home/linello/prova/Foo.so

现在Foo.so创建了共享库对象,但是当我想从python导入它时,我得到:

 >>> import Foo
      Traceback (most recent call last):
      File "<stdin>", line 1, in <module>
      ImportError: ./Foo.so: undefined symbol: _ZN4FooD1Ev
>>> 

我认为_ZN4FooD1Ev是构造函数的错位名称,Foo但不明白如何丢失符号.

我真的无法理解共享对象文件中缺少什么符号.作为第二点,在python setup.py build_ext --inplace命令之后,我的Foo.cpp文件搞砸了并包含cythonized版本.

如何以其他格式重命名cythonized文件(例如.cxx)并避免链接器错误？

然后我修改了Foo.pyx的pFoo.pyx,因此修改了setup.py,现在setup命令后我的cythonized版本pFoo.pyx中Foo.cxx,但是当我试图导入我得到的

ImportError: dynamic module does not define init function (initpyFoo)

我的设置有什么问题,如何解决我的问题？

Answer 1

我建议您为 cython 模块使用不同的名称，例如 cFoo，以避免名称冲突问题：

from distutils.core import setup
from Cython.Build import cythonize

setup(ext_modules = cythonize(
           "cFoo.pyx",                 # our Cython source
           sources=["Foo.cpp"],        # additional source file(s)
           language="c++",             # generate C++ code
      ))

要定义 C++ 类，请使用“cppclass”关键字，如下所示：

cdef extern from "Foo.h":
    cdef cppclass Foo:
        Foo()
        double alfa
        int beta

然后你应该能够像这样访问你的类：

cdef Foo *foo = new Foo()
foo.beta = 42