热图按“样本”组排序，然后聚集在R中的组内

Question

基本上，我想创建一个热图，将列分为两类，然后在各组中使用树状图，以便我们可以确定每个基因上调和下调的基因。

我正在使用RNA HT12芯片数据来分析患者样本，每组大约n> 150。尽管我在各组之间实现了显着的差异表达，但使用默认的树状图时，我的热图并没有分成不同的病例/对照组。我使用的代码示例如下。{我曾尝试添加热图，但还没有要点}

#Code for Heatmap
library(gplots) 
selected <- p.adjust(fit$p.value[, 2], "fdr") <0.005
esetSel <- HT_H_N[selected, ]
color.map <- function(STAT) { if (STAT=="case") "#00FF00" else "#0000FF" }
patientcolors <- unlist(lapply(esetSel$STAT, color.map))
heatmap(exprs(esetSel),ColSideColors=patientcolors)

起初，我认为两组之间的差异表达程度很低，但是当我分别为每个组生成一个热图时，案例组的表达似乎比对照组低。

因此，我想将比较分为几组，然后按聚类排序。最初，我开始对每个组进行聚类，然后创建一个新的phenodata字段，其中包含每个组的聚类顺序。然后使用该字段对我的列进行重新排序。

有没有更简单的方法来实现这一目标？