R undebug所有功能

Question

考虑我们已经调用debug()了几个函数来对它们进行断点.当我们找到并解决这个bug时,是否还有一个命令undebug()标记的所有函数debug()？

这是一个很好的基准,看看你提出的方法是否真的完美:

> library(limma) # bioconductor
> debug(read.ilmn)
> read.ilmn("a.txt") # No problem if this file does not exist
Browse[2]> debug(.read.oneilmnfile) # This is the debug browser for read.ilmn()
Browse[2]> Q # To exit debug browser
> undebug.all() # Here run your proposed function to undebug everything!
> read.ilmn("a.txt")
# Now if the debug browser is not started, you are lucky to pass this test!

您可能会在下面看到接受的答案.任何情况下,这个答案不起作用,或更干净的版本是非常受欢迎的.

Answer 1

不,没有完全可靠的方法来实现undebug()所有功能.(我只是这样说,因为我看过它在R-devel和R-help上多次讨论过.)

在这次讨论中,Brian Ripley称赞,注意到:

调试是函数对象的属性(sxpinfo中的一个位),因此您必须遍历所有可到达的对象(如gc所做的那样)才能找到它们.

这里有一个片段中,罗伯特绅士回答(在负)问题是否"有知道在任何时间,这是与标记功能的方便的方式debug()或trace()在R对话":

你可能没有得到答案,因为答案是否定的,没有简单的方法.

Answer 2

这是我的解决方案......

编辑:修改以处理在命名空间中查找对象.代码已经变得有点狡猾,因为我并不真正理解操作/查询命名空间的方法,因为我正在通过反复试验来工作.更清洁的版本将是受欢迎的.几乎可以肯定其他角落案例都会失败.

## return the names of the objects (from a vector of list of
## names of objects) that are functions and have debug flag set
isdebugged_safe <- function(x,ns=NULL)  {
    g <- if (is.null(ns)) get(x) else getFromNamespace(x,ns)
    is.function(g) && isdebugged(g)
}

which_debugged <- function(objnames,ns=NULL) {
    if (!length(objnames)) return(character(0))
    objnames[sapply(objnames,isdebugged_safe,ns=ns)]
}

all_debugged <- function(where=search(), show_empty=FALSE) {
    ss <- setNames(lapply(where,function(x) {
        which_debugged(ls(x,all.names=TRUE))
        }),gsub("package:","",where))
    ## find attached namespaces
    ## (is there a better way to test whether a 
    ##    namespace exists with a given name??)
    ns <- unlist(sapply(gsub("package:","",where),
                 function(x) {
                     if (inherits({n <- try(getNamespace(x),silent=TRUE)},
                         "try-error")) NULL else x
                 }))
    ss_ns <- setNames(lapply(ns,function(x) {
        objects <- ls(getNamespace(x),all.names=TRUE)
        which_debugged(objects,ns=x)
        }),ns)
    if (!show_empty) {
        ss <- ss[sapply(ss,length)>0]
        ss_ns <- ss_ns[sapply(ss_ns,length)>0]
    }
    ## drop overlaps
    for (i in names(ss))
        ss_ns[[i]] <- setdiff(ss_ns[[i]],ss[[i]])
    list(env=ss,ns=ss_ns)
}

undebug_all <- function(where=search()) {
    aa <- all_debugged(where)
    lapply(aa$env,undebug)
    ## now debug namespaces
    invisible(mapply(function(ns,fun) {
        undebug(getFromNamespace(fun,ns))
    },names(aa$ns),aa$ns))
}

该代码也发布在http://www.math.mcmaster.ca/bolker/R/misc/undebug_all.R

例:

library(nlme)
debug(lme)
## define functions
source(url("http://www.math.mcmaster.ca/bolker/R/misc/undebug_all.R"))
undebug_all()
fm1 <- lme(distance ~ age, data = Orthodont) # from ?lme

在这种情况下lme运行而不进入调试器.

另一个更难的例子:

library(limma)
source(url("http://www.math.mcmaster.ca/bolker/R/misc/undebug_all.R"))
debug(read.ilmn)
debug(limma:::.read.oneilmnfile)
all_debugged()
undebug_all()
read.ilmn()
read.ilmn("a.txt")

请注意,read.ilmn()并且read.ilmn("a.txt")看起来与调试的观点有所不同(我不明白为什么......)

Answer 3

这是一个选项,假设您正在调试的函数位于工作空间或全局环境中.可以指定任何特定的环境,使其具有适应性,但这不会适用于单个go中所有已加载包中的任何功能.

首先通过全局环境中的几个函数来说明:

> bar <- function() {}
> foo <- function() {}

使用lsf.str()工作区中的返回功能(以备后用,我们unclass()这一点,并把它转换到一个列表):

> funlist <- as.list(unclass(lsf.str()))
> funlist
[[1]]
[1] "bar"

[[2]]
[1] "foo"

接下来,为这些函数生成一个指示器,以确定它们是否已被调试:

> debugged <- sapply(funlist, isdebugged)
> debugged
[1] FALSE FALSE

好的,所以debug()其中一个功能并重新运行:

> debug(bar)
> 
> debugged <- sapply(funlist, isdebugged)
> debugged
[1]  TRUE FALSE

最后,sapply()在funlist被调试的应用功能,undebug()对他们说:

> sapply(funlist[debugged], undebug)
[[1]]
NULL

这当然可以封装成一个函数

undebugFuns <- function() {
    funs <- unclass(lsf.str())
    dbg <- sapply(funs, isdebugged)
    if(isTRUE(any(dbg))) {
        writeLines(paste("Un-debugging:", funs[dbg]))
        sapply(funs[dbg], undebug)
    } else {
        writeLines(paste("Nothing to debug"))
    }
    invisible()
}

> debug(bar)
> undebugFuns()
Un-debugging: bar

未获取的一种调试isdebugged()是通过debugonce()以下方式实施的:

> debug(bar)
> isdebugged(bar)
[1] TRUE
> undebugFuns()
Un-debugging: bar
> debugonce(bar)
> isdebugged(bar)
[1] FALSE

这只是让Josh再次回答他的答案.