Let*_*tin 2 transpose r pca princomp
我刚刚开始了解PCA,我希望将它用于一个超过4,00,000行的巨大微阵列数据集.我的样本形式的列,以及基因/基因座形式的行.我确实通过了一些关于使用PCA的教程,并遇到了princomp()和prcomp()以及其他几个.
现在,正如我在此学到的那样,为了在双标图中绘制"样本",我需要将它们放在行中,并将基因/轨迹放在列中,因此我必须在使用它之前转置我的数据PCA.
但是,由于行超过4,00,000,我实际上无法将它们转换为列,因为列是有限的.所以我的问题是,有没有办法在我的数据上执行PCA,而不使用这些R函数进行转置？如果没有,你们中的任何人都可以建议我采取其他任何方式或方法吗？
你为什么讨厌转置你的数据？这很简单!
如果您将数据读入R(例如作为矩阵microarray.data),您只需使用命令就可以转置它们:
transposed.microarray.data<-t(microarray.data)
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