如何在R中创建分类散点图,如箱形图？

Question

有谁知道如何创建一个散点图R,以创建像图这些在PRISM的的GraphPad:

我尝试使用箱形图,但它们不按我想要的方式显示数据.graphpad可以生成的这些列散点图可以更好地显示数据.

任何建议,将不胜感激.

Answer 1

正如 @smillig 提到的，您可以使用 ggplot2 来实现这一点。下面的代码很好地重现了您所追求的情节 - 警告它非常棘手。首先加载ggplot2包并生成一些数据：

library(ggplot2)
dd = data.frame(values=runif(21), type = c("Control", "Treated", "Treated + A"))

接下来更改默认主题：

theme_set(theme_bw())

现在我们构建情节。

1. 构造一个基础对象 - 没有绘制任何内容：

   g = ggplot(dd, aes(type, values))
   

2. 添加要点：调整默认抖动并根据类型更改字形：

   g = g + geom_jitter(aes(pch=type), position=position_jitter(width=0.1))
   

3. 添加到“盒子”上：计算盒子的结束位置。在本例中，我选择了平均值。如果您不需要该盒子，请省略此步骤。

   g = g + stat_summary(fun.y = function(i) mean(i), 
           geom="bar", fill="white", colour="black")
   

4. 添加一些误差条：计算上/下限并调整条宽度：

   g  = g + stat_summary(
           fun.ymax=function(i) mean(i) + qt(0.975, length(i))*sd(i)/length(i), 
           fun.ymin=function(i) mean(i) - qt(0.975, length(i)) *sd(i)/length(i),
           geom="errorbar", width=0.2)
   

5. 显示绘图

   g
   

1. 在上面的 R 代码中，我曾经stat_summary动态计算所需的值。您还可以创建单独的数据框并使用geom_errorbar和geom_bar。
2. 要使用base R，请查看我对此问题的回答。