R虽然内存似乎可用,但无法分配内存

Question

运行几个模型后,我需要system()在我的R脚本上运行一个命令来关闭我的EC2实例,但当我到达那一点时,我得到:

cannot popen 'ls', probable reason 'Cannot allocate memory'

注意:对于这个问题,我甚至尝试了ls哪些不起作用

我的脚本流程如下

• 加载模型(约2GB)
• 挖掘文档并写入MySQL数据库

使用不同型号重复上述步骤约20次,每个型号平均尺寸为2GB

• 终止实例

此时是我需要调用system("sudo shutdown -h now")而没有任何反应,但是当我尝试时,system("sudo shutdown -h now",intern=TRUE)我得到了分配错误.

我rm()在调用关机之前尝试了所有对象,但同样的错误仍然存​​在.

这是我系统上的一些数据,它是一个大型的EC2 Ubuntu实例

R version 2.15.1 (2012-06-22)
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)

locale:
 [1] LC_CTYPE=en_US.UTF-8       LC_NUMERIC=C              
 [3] LC_TIME=en_US.UTF-8        LC_COLLATE=en_US.UTF-8    
 [5] LC_MONETARY=en_US.UTF-8    LC_MESSAGES=en_US.UTF-8   
 [7] LC_PAPER=C                 LC_NAME=C                 
 [9] LC_ADDRESS=C               LC_TELEPHONE=C            
[11] LC_MEASUREMENT=en_US.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C       

attached base packages:
[1] splines   stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods  
[8] base     

other attached packages:
 [1] RTextTools_1.3.9   tau_0.0-15         glmnet_1.8         Matrix_1.0-6      
 [5] lattice_0.20-10    maxent_1.3.2       Rcpp_0.9.13        caTools_1.13      
 [9] bitops_1.0-4.1     ipred_0.8-13       prodlim_1.3.2      KernSmooth_2.23-8 
[13] survival_2.36-14   mlbench_2.1-1      MASS_7.3-21        rpart_3.1-54      
[17] e1071_1.6-1        class_7.3-4        tm_0.5-7.3         nnet_7.3-4        
[21] tree_1.0-31        randomForest_4.6-6 SparseM_0.96       RMySQL_0.9-3      
[25] ggplot2_0.9.1      DBI_0.2-5         

loaded via a namespace (and not attached):
 [1] colorspace_1.1-2   dichromat_1.2-4    digest_0.5.2       grid_2.15.1       
 [5] labeling_0.2       memoise_0.1        munsell_0.3        plyr_1.7.1        
 [9] proto_0.3-9.2      RColorBrewer_1.0-5 reshape2_1.2.1     scales_0.2.1      
[13] slam_0.1-25        stringr_0.6.1    

gc()返回

          used (Mb) gc trigger   (Mb)  max used   (Mb)
Ncells 1143171 61.1    5234604  279.6   5268036  281.4
Vcells 1055057  8.1  465891772 3554.5 767962930 5859.1

我注意到,如果我只运行1个模型而不是20个它可以正常工作,那么可能是每次运行后内存都没有获得自由,尽管我做rm()了使用过的对象

我还注意到,如果我关闭R并重新启动它然后调用system()它.如果有一种方法可以在R中重新启动R,那么我可以将其添加到我的script.sh流程中.

这将是清理所有对象并让内存为每个循环释放的适当方法,所以当我需要调用system()命令时,没有内存问题？

任何正确方向的提示将非常感谢!谢谢

Answer 1

我只是张贴这个,因为它太长,不适合评论.由于您没有包含任何代码,因此很难提供建议.但是,这里有一些你可以考虑的代码.

wd <- getwd()
assign('.First', function(x) {
  require('plyr') #and whatever other packages you're using
  file.remove(".RData") #already been loaded
  rm(".Last", pos=.GlobalEnv) #otherwise won't be able to quit R without it restarting
  setwd(wd)
}, pos=.GlobalEnv)
assign(".Last", function() {
  system("R --no-site-file --no-init-file --quiet")
}, pos=.GlobalEnv)
save.image() #or only save the things you want to be reloaded.
q("no")

我们的想法是将您需要的东西保存在一个名为的文件中.RData.您创建了一个.Last在退出R时运行的.Last函数.该函数将启动R的新会话.并且您创建一个.First将在R重新启动后立即运行的函数.该.First函数将加载您需要的包并进行清理.

现在,您可以退出R,它将重新启动加载您需要的东西.

(q("no")表示不保存,但您已经保存.RData了重启时将加载的所有内容)