以文本/表格格式显示TraMineR(R)树形图

Question

我使用以下R代码生成带有基于TraMineR序列的标签的树形图(参见附图):

library(TraMineR)
library(cluster)
clusterward <- agnes(twitter.om, diss = TRUE, method = "ward")
plot(clusterward, which.plots = 2, labels=colnames(twitter_sequences))

完整代码(包括数据集)可以在这里找到.

由于树形图以图形方式提供信息,因此以文本和/或表格格式获取相同信息将非常方便.如果我调用对象clusterward的任何方面(由agnes创建),例如"order"或"merge",我会使用数字而不是我得到的名称来标记所有内容colnames(twitter_sequences).另外,我看不出如何输出树形图中以图形方式表示的分组.

总结一下:如何使用R以及理想情况下的电车/集群库正确显示标签,以文本/表格格式获取集群输出？

Answer 1

问题涉及cluster包裹。agnes.object返回的帮助页面agnes （参见http://stat.ethz.ch/R-manual/R-devel/library/cluster/html/agnes.object.html）指出该对象包含一个order.lab组件“类似于order，但包含观察标签而不是观察编号。仅当原始观察被标记时，此组件才可用。”

TraMineR 生成的相异矩阵（twitter.om在您的情况下）当前不保留序列标签作为行和列名称。要获取order.lab组件，您必须手动将序列标签指定为矩阵的rownames和。我在这里用TraMineR 包提供的数据进行说明。colnamestwitter.ommvad

library(TraMineR)
data(mvad)
## attaching row labels 
rownames(mvad) <- paste("seq",rownames(mvad),sep="")
mvad.seq <- seqdef(mvad[17:86]) 
## computing the dissimilarity matrix
dist.om <- seqdist(mvad.seq, method = "OM", indel = 1, sm = "TRATE")
## assigning row and column labels 
rownames(dist.om) <- rownames(mvad) 
colnames(dist.om) <- rownames(mvad) 
dist.om[1:6,1:6]

## Hierarchical cluster with agnes library(cluster) 
cward <- agnes(dist.om, diss = TRUE, method = "ward")

## here we can see that cward has an order.lab component 
attributes(cward)

这是为了获取order序列标签而不是数字。但现在我不清楚您想要文本/表格形式的集群结果。根据树状图，您决定要在哪里切割它，即您想要的组数，并使用 切割树状图cutree，例如cl.4 <- cutree(clusterward1, k = 4)。结果cl.4是一个向量，其中包含每个序列的簇成员资格，并且您可以获得组 1 的成员列表，例如，使用rownames(mvad.seq)[cl.4==1]。

或者，您可以使用该identify方法（请参阅?identify.hclust）从图中以交互方式选择组，但需要将参数传递为 as.hclust(cward)。这是示例的代码

## plot the dendrogram
plot(cward, which.plot = 2, labels=FALSE)

## and select the groups manually from the plot
x <- identify(as.hclust(cward)) ## Terminate with second mouse button

## number of groups selected
length(x)
## list of members of the first group
x[[1]] 

希望这可以帮助。