Python/Cython:将SciPy与Cython一起使用

Question

Cython教程展示了如何将Numpy与Cython一起使用的一个很好的例子.但是,我有使用scipy.stats包的代码,在尝试编译代码时,我出现以下错误:

dvi.pyx:7:8: 'scipy.stats.pxd' not found

我担心Cython(？)不支持scipy.有人可以用Cython评论scipy的使用,还是指向一些资源/教程的方向？Thannks!

Answer 1

所以我在Cython Google Group上找到了代码(https://groups.google.com/forum/?fromgroups#!searchin/cython-users/using$20scipy/cython-users/CF9GqYN1aPU/WKC-N9c6zpgJ)

这显示以下作为导入:

import pylab as PL
from scipy import integrate
from scipy import optimize
from scipy.integrate import odeint

import numpy as np
cimport numpy as np
cimport cython

这给了我信心,我可以用SciPy编译.添加cimport cython语句时,我收到以下编译错误:

dvi.c:237:31: error: numpy/arrayobject.h: No such file or directory
dvi.c:238:31: error: numpy/ufuncobject.h: No such file or directory

这似乎是一个路径或目录问题.事实上我是正确的,这个网站上有一个帖子(我的Cython代码解析为C,但不编译.第一次尝试使用外部C代码)

解决方案是将以下内容添加到我的setup.py文件中:

import numpy 
...
Extension(..., include_dirs = [numpy.get_include(), ... ] )

W00t!