当服务控制管理器告诉您的服务停止时，.Net ServiceBase会将状态设置为SERVICE_STOP_PENDING并调用服务的OnStop方法。您可以根据自己的意愿来处理该通知。理想情况下，您将具有某种机制，例如使用CancellationToken通知当前正在工作的任何线程，他们需要将其打包并尽快退出。您的情况可能涉及关闭ServiceHost。您的OnStop方法应该等待，直到知道已完成操作为止（例如，通过加入线程），然后再返回。有多种方法可以通知服务控制管理器您需要更多时间，或者只是让它知道您已收到该通知并且您正在积极地停止（SERVICE_STATUS dwcheckpoint）。
如果您只是从OnStop立即返回（或不费心实现它），那么我认为您的服务线程将被全部强行终止。我不确定，因为我从未尝试过。我总是实现OnStop，并且只有在清理完所有内容后才返回。如果您实现了OnStop，但是要花很长时间返回而又不让服务控制管理器知道您正在使用它，那么它将等待一会儿（服务停止需要20秒...这是一个注册表设置），然后终止您的线程。
正确的做法是编写服务，以便使其快速启动，快速停止，暂停和快速继续等等。从上面的描述可以看出，实际情况完全取决于服务的实现方式。只有您拥有“肯定知道”的信息。