在Linux上以批处理模式运行R:输出问题

Question

我在Linux集群上运行R程序,因为它对我的处理器要求很高.我的程序旨在将多个(大约15个)绘图作为PDF输出到程序收集其输入的文件夹中.

我希望我的程序在后台运行,并在我退出群集时继续运行.

首先,我试过这个:

cd /Users/The/Folder/With/My/RScript #changed working directory
nohup ./BatchProgram.R &

但是,这不起作用,因为它将输出附加到一个名为的文件nohup.out,并且没有输出我需要的任何PDF.

接下来我尝试了这个:

cd /Users/The/Folder/With/My/RScript #changed working directory
R #to run R
source(‘BatchProgram.R’) #to run my program

这给了我想要的输出,但没有在后台运行程序(当我退出集群时会停止).

有人可以告诉我如何获取第二块代码的输出,同时在后台运行程序并导致它甚至在我注销linux集群后继续运行(如第一块代码)？

非常感谢!

Answer 1

nohup在后台运行命令,使其忽略告诉它停止的信号(例如,当您注销时),并将输出重定向到文件.但它必须是一个可执行命令:您可能有错误消息nohup.out告诉您BatchProgram.R无法运行.

以下应该有效:

nohup Rscript ./BatchProgram.R &

它只运行一个R脚本,但没有交互式解释器.它可以在命令行`Rscript my_script.R`上使用,也可以在脚本的第一行`#!/ usr/bin/Rscript`上使用,以便能够直接运行它,如`./my_script. R`(在这种情况下,您还需要使用`chmod + x`使脚本可执行).它几乎相当于`R CMD BATCH`,但不需要额外的选项(`--slave`,在另一个答案中). (2认同)

Answer 2

该解决方案已经过测试，您也可以尝试制作它的“nohup”版本，但是将呈现的内容非常适合我。制作 bash 脚本如下（例如 run_R.sh）：

#!/bin/sh
R CMD BATCH --slave ./_your_R_script_name.R &
exit 0

然后，使其可运行

chmod +x run_R.sh

并运行文件，例如

./run_R.sh

有时你只能看到闪烁的光标（取决于你正在使用的 Linux 发行版），但只需按“Enter”即可继续