R filter()处理NA

Question

我试图实现Chebyshev过滤器以平滑时间序列但不幸的是,数据系列中有NA.

例如,

t <- seq(0, 1, len = 100)                     
x <- c(sin(2*pi*t*2.3) + 0.25*rnorm(length(t)),NA, cos(2*pi*t*2.3) + 0.25*rnorm(length(t)))

我正在使用Chebyshev过滤器: cf1 = cheby1(5, 3, 1/44, type = "low")

我试图过滤排除NAs的时间序列,但不会弄乱订单/位置.所以,我已经尝试过na.rm=T,但似乎没有这样的论点.然后

z <- filter(cf1, x)   # apply filter

感谢你们.

Answer 1

您可以使用该功能预先删除 NA compelete.cases。您还可以考虑估算缺失的数据。查看 mtsdi 或 Amelia II 软件包。

编辑：

这是 Rcpp 的解决方案。如果速度很重要，这可能会有所帮助：

require(inline)
require(Rcpp)
t <- seq(0, 1, len = 100)
set.seed(7337)
x <- c(sin(2*pi*t*2.3) + 0.25*rnorm(length(t)),NA, cos(2*pi*t*2.3) + 0.25*rnorm(length(t)))
NAs <- x
x2 <- x[!is.na(x)]
#do something to x2
src <- '
Rcpp::NumericVector vecX(vx);
Rcpp::NumericVector vecNA(vNA);
int j = 0;   //counter for vx
for (int i=0;i<vecNA.size();i++) {
  if (!(R_IsNA(vecNA[i]))) {
    //replace and update j
    vecNA[i] = vecX[j];
    j++;
  }
 }
return Rcpp::wrap(vecNA);
'
fun <- cxxfunction(signature(vx="numeric",
                             vNA="numeric"),
                   src,plugin="Rcpp")
if (identical(x,fun(x2,NAs)))
    print("worked")
# [1] "worked"