将因子映射到数据帧

Question

我有两个数据集的采样数据.loc描述地理位置,spe包含发现的物种.不幸的是,采样站由两个因素(cruise和station)描述,因此我需要为两个数据集构建唯一标识符

>loc
  cruise station     lon    lat
1    TY1      A1 53.8073 6.7836
2    TY1       3 53.7757 6.7009
3    AZ7      A1 53.7764 6.6758

和

>spe
  cruise station     species abundance
1    TY1      A1 Ensis ensis       100
2    TY1      A1    Magelona         5
3    TY1      A1    Nemertea        17
4    TY1       3    Magelona         8
5    TY1       3     Ophelia      1200
6    AZ7      A1     Ophelia       950
7    AZ7      A1 Ensis ensis        89
8    AZ7      A1        Spio         1

我需要的是添加一个唯一的标识符ID这样

  cruise station     species abundance     ID
1    TY1      A1 Ensis ensis       100 STA0001
2    TY1      A1    Magelona         5 STA0001
3    TY1      A1    Nemertea        17 STA0001
4    TY1       3    Magelona         8 STA0002
5    TY1       3     Ophelia      1200 STA0002
6    AZ7      A1     Ophelia       950 STA0003
7    AZ7      A1 Ensis ensis        89 STA0003
8    AZ7      A1        Spio         1 STA0003

这是数据

loc<-data.frame(cruise=c("TY1","TY1","AZ7"),station=c("A1",3,"A1"),lon=c(53.8073, 53.7757, 53.7764),lat=c(6.7836, 6.7009, 6.6758))

spe<-data.frame(cruise=c(rep("TY1",5),rep("AZ7",3)),station=c(rep("A1",3),rep(3,2),rep("A1",3)),species=c("Ensis ensis", "Magelona", "Nemertea", "Magelona", "Ophelia", "Ophelia","Ensis ensis", "Spio"),abundance=c(100,5,17,8,1200,950,89,1))

然后,我构建了IDforloc

 loc$ID<-paste("STA",formatC(1:nrow(loc),width=4,format="d",flag="0"),sep="")

但是我如何映射ID到spe？

我发现涉及两个嵌套循环的方式对于像我这样的程序程序员来说非常漂亮(如果嵌套循环可以称为帅).我很确定R中的双线会更高效,更快,但我无法理解.我真的希望我的代码更美,这是非R.

Answer 1

实际上,我认为这是merge基础R正常工作的情况:

merge(spe, loc, all.x=TRUE)

  cruise station     species abundance     lon    lat
1    AZ7      A1     Ophelia       950 53.7764 6.6758
2    AZ7      A1 Ensis ensis        89 53.7764 6.6758
3    AZ7      A1        Spio         1 53.7764 6.6758
4    TY1       3    Magelona         8 53.7757 6.7009
5    TY1       3     Ophelia      1200 53.7757 6.7009
6    TY1      A1 Ensis ensis       100 53.8073 6.7836
7    TY1      A1    Magelona         5 53.8073 6.7836
8    TY1      A1    Nemertea        17 53.8073 6.7836

要查找唯一标识符,请使用unique():

unique(paste(loc$cruise, loc$station, sep="-"))
[1] "TY1-A1" "TY1-3"  "AZ7-A1"