构建R包:'subject'没有可见的全局函数定义

Question

我是第一次建造一个R包,我遇到了一些麻烦.我正在进行R CMD检查,并收到以下错误:

get.AlignedPositions: no visible global function definition for 'subject'

我不确定是什么原因造成的.我的代码中甚至没有"主题"变量.代码相当冗长,所以我宁愿不粘贴所有代码,除非有人在评论中提问.我应该寻找具体的东西吗？我唯一能想到的就是我有一条这样的线:

alignment <-pairwiseAlignment(pattern = canonical.protein, subject=protein.extracted, patternQuality=patternQuality,
                            subjectQuality=subjectQuality,type = type, substitutionMatrix= substitutionMatrix,
                            fuzzyMatrix=fuzzyMatrix,gapOpening=gapOpening,gapExtension=gapExtension,
                            scoreOnly=scoreOnly)

但是主题是由pairwiseAlignmentBiostrings包中的函数定义的.谢谢您的帮助!

Answer 1

R发现了一个函数,subject在没有被称为subject可用的函数的情况下使用.在关于R-devel的讨论中解释了一个可能的原因.在这种情况下,有条件地使用代码,例如,如果安装了某个软件包,我们将使用其功能.在没有安装此软件包的系统上检查软件包时,我们会遇到这些类型的警告.所以请检查是否是这种情况.或者,你可能在没有任何功能的情况下调用主语时犯了一个错误,例如subject,它不是一个函数,而只是一个对象.