在R Plot随机森林模型的重要性变量

Question

我在这做错了什么？"下标越界"是什么意思？

我得到了下面的代码(第一块)摘录形式的革命R在线研讨会关于R中的数据挖掘.我试图将其纳入我运行的RF模型中,但无法通过我认为的变量排序.我只是想描绘变量的重要性.

我在下面添加了一些更多内容以提供上下文.但实际上我错误的是第三行代码.第二个代码块是我应用于我正在使用的数据时得到的错误.任何人都可以帮我解决这个问题吗？

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# List the importance of the variables.
rn <- round(importance(model.rf), 2)
rn[order(rn[,3], decreasing=TRUE),]
##@# of 
# Plot variable importance
varImpPlot(model.rf, main="",col="dark blue")
title(main="Variable Importance Random Forest weather.csv",
            sub=paste(format(Sys.time(), "%Y-%b-%d %H:%M:%S"), Sys.info()["user"])) 
#--------------------------------------------------------------------------

我的错误:

> rn[order(rn[,2], decreasing=TRUE),]
Error in order(rn[, 2], decreasing = TRUE) : subscript out of bounds

Answer 1

我想我理解这种困惑.我打赌你用4指Kit Kat,如果你打字,ncol(rn)你会看到rn有2列,而不是你想象的3列.您在屏幕上看到的第一个"列"实际上不是列 - 它只是对象的行名称.输入rownames(rn)以确认此信息.因此,您想要订购的rn的最后一列是rn [,2]而不是rn [,3].出现"下标越界"消息,因为您已要求R按第3列排序,但是rn没有第3列.

对于任何对"重要性"对象实际上是什么感兴趣的人来说,这是我的简短侦探路径......我安装了库(randomForest),然后在线文档中运行了一个示例:

set.seed(4543)
data(mtcars)
mtcars.rf <- randomForest(mpg ~ ., data=mtcars, ntree=1000, 
             keep.forest=FALSE, importance=TRUE)
importance(mtcars.rf)

原来这个"重要性"对象看起来像这样(前几行只是为了节省空间):

       %IncMSE IncNodePurity
cyl  17.058932     181.70840
disp 19.203139     242.86776
hp   17.708221     191.15919
...

显然ncol(重要性(mtcars.rf))是2,行名可能会导致混乱:)