如何将R Markdown转换为HTML？即,"编织HTML"在R96 0.96中做了什么？

Question

在Rstudio 0.96中的R Markdown文件上按"Knit HTML"时会运行什么命令？

我的动机是,当我在另一个文本编辑环境中时,我可能想要运行相同的命令,或者我可能想要将命令组合成更大的命令makefile.

Answer 1

基本脚本

所以现在已经发布了R markdown包,这里有一些代码可以将Knit的功能复制到Html.

require(knitr) # required for knitting from rmd to md
require(markdown) # required for md to html 
knit('test.rmd', 'test.md') # creates md file
markdownToHTML('test.md', 'test.html') # creates html file
browseURL(paste('file://', file.path(getwd(),'test.html'), sep='')) # open file in browser 

test.rmdR markdown文件的名称在哪里.请注意,我对browseURL行没有100%的信心(因此我的问题是关于在Web浏览器中打开文件).

markdownToHTML选项

好消息markdownToHTML是HTML的创建方式有很多选项(参见参考资料?markdownHTMLOptions).因此,例如,如果您只想要一个没有所有标题信息的代码片段,您可以编写:

markdownToHTML('test.md', 'test.html', options='fragment_only')

或者如果您不喜欢硬包装(即,在降价源中有单个手动换行符时插入换行符),则可以省略'hard_wrap'选项.

# The default options are 'hard_wrap', 'use_xhtml', 
#      'smartypants', and 'base64_images'.
markdownToHTML('test.md', 'test.html', 
       options=c('use_xhtml', 'base64_images'))

Makefile文件

这也可以全部添加到makefile中Rscript -e(例如,像这样).这是我放在一起的基本示例makefile,其中test表示调用了rmd文件test.rmd.

RMDFILE=test

html :
    Rscript -e "require(knitr); require(markdown); knit('$(RMDFILE).rmd', '$(RMDFILE).md'); markdownToHTML('$(RMDFILE).md', '$(RMDFILE).html', options=c('use_xhtml', 'base64_images')); browseURL(paste('file://', file.path(getwd(),'$(RMDFILE).html'), sep=''))"

makefile使用我首选的降价选项:即, options=c('use_xhtml', 'base64_images')

Answer 2

放入Sys.sleep(30)一个块,您将清楚地看到RStudio调用的命令.基本上他们是

1. library(knitr); knit() 得到降价文件;
2. RStudio具有将markdown转换为HTML的内部函数;

第二步将在下一版本的knitr::knit2html('your_file.Rmd')软件包中更加透明.目前,您可以使用rmarkdown::render()RStudio为您提供类似的HTML文件.

Answer 3

knithell中knitr非常简单的命令行方法:

R -e "rmarkdown::render('knitr_example.Rmd')"

这需要rmarkdown安装install.packages(rmarkdown)并且安装了pandoc(显然它随Rstudio一起提供,有关详细信息,请参阅knutshell中的knitr).

到目前为止,当我使用它时,它很好地将所有绘图放在HTML文件中,而不是图形目录中的图像,并清理任何中间文件,如果有的话; 就像在RStudio中编译一样.

Answer 4

看来你应该调用 rmarkdown::render() 而不是 knit::knit2html() 因为 a.rmd 似乎是 R Markdown v2 文档。