C ++段故障问题

Question

我正在使用一些外部C库的C ++程序上工作。据我所知，这不是问题的原因，而问题出在我的C ++代码上。该程序运行良好，没有错误，也没有测试数据集上的任何内容，但是经过几乎整个完整数据集后，出现了段错误。运行GDB给了我这个段错误：

（gdb）运行-speciesMain = allMis1 -speciesOther = anoCar2 -speciesMain = allMis1 -speciesOther = anoCar2 /hive/data/genomes/allMis1/bed/lastz.anoCar2/mafRBestNet/*.maf.gz
启动程序：/ cluster / home / jstjohn / bin / mafPairwiseSyntenyDecay -speciesMain = allMis1 -speciesOther = anoCar2 -speciesMain = allMis1 -speciesOther = anoCar2 / hive / data / genome
s / allMis1 / bed / lastz.anoCar2 / mafRBestNet / *。maf.gz
从子进程3718中叉后拆卸。

程序收到信号SIGSEGV，分段故障。
来自/usr/lib64/libstdc++.so.6的__gnu_cxx :: __ exchange_and_add（int volatile *，int）（）中的0x0000003009cb7672
（gdb）向上
/usr/lib64/libstdc++.so.6中的std :: basic_string，std :: allocator> ::〜basic_string（）（）中的＃1 0x0000003009c9db59
（gdb）向上
在mafPairwiseSyntenyDecay.cpp中的＃2 0x00000000004051e7在PairAlnInfo :: ~~ PairAlnInfo（this = 0x7fffffffcd70，__in_chrg =）中
（gdb）向上
＃3 0x0000000000404eb0在main（argc = 2，argv = 0x7fffffffcf78）在mafPairwiseSyntenyDecay.cpp：260

好像我的PairAlnInfo类没有空了。奇怪的是，我没有定义析构函数，也没有使用分配任何东西new。我已经在Linux机器上使用g ++ 44和g ++ 4.1.2进行了尝试，并且得到了相同的结果。

使事情变得更奇怪的是，在我的linux机器上（具有更多可用的RAM和所有东西，不是该程序有问题的RAM，但这是一个强大的系统）在程序到达循环打印之前，如上所述发生了段错误输出。在使用或者G ++或铛++，程序仍然段错误，但它不会做我小很多的MacBook Air直到之后的结果打印，最后的前右侧return(0)的主要功能了。这是使用Mac的默认g ++ 4.2进行编译后，在同一个文件上运行的我的Mac上的GDB跟踪结果：

（更多结果）...
98000 27527 162181 0.83027
99000 27457 161467 0.829953
100000 27411 160794 0.829527

程序收到信号EXC_BAD_ACCESS，无法访问内存。
原因：KERN_INVALID_ADDRESS地址：0x00004a2c00106077
0x00007fff9365a6e5在std :: string :: _ Rep :: _ M_dispose（）中
（gdb）向上
＃1 0x00007fff9365a740 in std :: basic_string，std :: allocator> ::〜basic_string（）
（gdb）向上
＃2 0x0000000100003938在mafPairwiseSyntenyDecay.cpp：301的main（argc = 1261，argv = 0x851d5fbff533）中
（gdb）

以防万一您没注意到我发帖的时间，现在是大约2:30 AM ...我已经为这个问题解决了大约10个小时。非常感谢您抽出宝贵的时间研究此问题并为我提供帮助！代码和复制我的情况的一些说明如下。

如果您有兴趣下载并安装带有依赖项的整个程序，请make在基本目录中下载我的KentLib存储库，然后转到examples/mafPairwiseSyntenyDecay并在make其中运行。导致我正在讨论的错误的一个示例（相当大）是此处提供的gziped文件：程序崩溃的100Mb文件。然后使用这些参数执行程序-speciesMain=allMis1 -speciesOther=anoCar2 anoCar2.allMis1.rbest.maf.gz。

(gdb) run -speciesMain=allMis1 -speciesOther=anoCar2 -speciesMain=allMis1 -speciesOther=anoCar2 /hive/data/genomes/allMis1/bed/lastz.anoCar2/mafRBestNet/*.maf.gz
Starting program: /cluster/home/jstjohn/bin/mafPairwiseSyntenyDecay -speciesMain=allMis1 -speciesOther=anoCar2 -speciesMain=allMis1 -speciesOther=anoCar2 /hive/data/genome
s/allMis1/bed/lastz.anoCar2/mafRBestNet/*.maf.gz
Detaching after fork from child process 3718.

Program received signal SIGSEGV, Segmentation fault.
0x0000003009cb7672 in __gnu_cxx::__exchange_and_add(int volatile*, int) () from /usr/lib64/libstdc++.so.6
(gdb) up
#1  0x0000003009c9db59 in std::basic_string, std::allocator >::~basic_string() () from /usr/lib64/libstdc++.so.6
(gdb) up
#2  0x00000000004051e7 in PairAlnInfo::~PairAlnInfo (this=0x7fffffffcd70, __in_chrg=) at mafPairwiseSyntenyDecay.cpp:37
(gdb) up
#3  0x0000000000404eb0 in main (argc=2, argv=0x7fffffffcf78) at mafPairwiseSyntenyDecay.cpp:260

Answer 1

尝试在valgrind下运行程序。这将为您提供有关可能或实际丢失的内存，未初始化等的报告。