函数工作(boot.stepAIC)但在另一个函数 - 环境问题中引发错误？

Question

我今天在R代码中意识到了一种奇怪的行为.我尝试了一个包{boot.StepAIC},其中包含一个用于AIC逐步回归结果的bootstrap函数.但是我认为统计背景不是问题(我希望如此).
我可以使用R顶层的函数.这是我的示例代码.

require(MASS)
require(boot.StepAIC)

n<-100
x<-rnorm(n); y<-rnorm(n,sd=2); z<-rnorm(n,sd=3); res<-x+y+z+rnorm(n,sd=0.1)
dat.test<-as.data.frame(cbind(x,y,z,res))
form.1<-as.formula(res~x+y+z)
boot.stepAIC(lm(form.1, dat.test),dat.test) # should be OK - works at me

但是,我想把它包装在一个自己的函数中.我将数据和公式传递给该函数.但我在boot.stepAIC()中遇到错误:

100个引导样本中的模型拟合失败strsplit中的错误(nam.vars,":"):非字符参数

# custom function
fun.boot.lm.stepAIC<-function(dat,form) {
  if(!inherits(form, "formula")) stop("No formula given")
  fit.lm<-lm(formula=form,data=dat)
  return(boot.stepAIC(object=fit.lm,data=dat))
 }
fun.boot.lm.stepAIC(dat=dat.test,form=form.1)
# results in an error 

那错误在哪里？我想它必须与当地和全球环境有关,不是吗？

Answer 1

在使用粘贴公式创建的 lme 拟合上使用do.callas in anova 测试失败提供了答案。

boot.stepAICform在函数内运行时无权访问；可以在这样的全球环境中重新创建；我们看到，lm使用form.1的公式，去掉它boot.stepAIC失败。

> form.1<-as.formula(res~x+y+z)
> mm <- lm(form.1, dat.test)
> mm$call
lm(formula = form.1, data = dat.test)
> rm(form.1)
> boot.stepAIC(mm,dat.test)
# same error as OP

使用do.call确实有效。这里我也用as.name；否则mm对象会携带整个数据集，而不仅仅是它的名称。

> form.1<-as.formula(res~x+y+z)
> mm <- do.call("lm", list(form.1, data=as.name("dat.test")))
> mm$call
lm(formula = res ~ x + y + z, data = dat.test)
> rm(form.1)
> boot.stepAIC(mm,dat.test)

要将其应用于原始问题，我会这样做：

fun.boot.lm.stepAIC<-function(dat,form) {
  if(!inherits(form, "formula")) stop("No formula given")
  mm <- do.call("lm", list(form, data=as.name(dat)))
  do.call("boot.stepAIC", list(mm,data=as.name(dat)))
}    
form.1<-as.formula(res~x+y+z)
fun.boot.lm.stepAIC(dat="dat.test",form=form1)

这也有效，但整个数据集都包含在最终输出对象中，并且最终输出到控制台。

fun.boot.lm.stepAIC<-function(dat,form) {
  if(!inherits(form, "formula")) stop("No formula given")
  mm <- do.call("lm", list(form, data=dat))
  boot.stepAIC(mm,data=dat)
}    
form.1<-as.formula(res~x+y+z)
fun.boot.lm.stepAIC(dat=dat.test,form=form.1)