用Python循环遍历

Question

所以我有一个包含这个的文件:

SequenceName 4.6e-38 810..924
SequenceName_FGS_810..924 VAWNCRQNVFWAPLFQGPYTPARYYYAPEEPKHYQEMKQCFSQTYHGMSFCDGCQIGMCH
SequenceName 1.6e-38 887..992
SequenceName_GYQ_887..992 PLFQGPYTPARYYYAPEEPKHYQEMKQCFSQTYHGMSFCDGCQIGMCH

我希望我的程序只读取包含这些蛋白质序列的行.到目前为止,我得到了这个,它跳过第一行并阅读第二行:

handle = open(filename, "r")
handle.readline()
linearr = handle.readline().split()
handle.close()

fnamealpha = fname + ".txt"
handle = open(fnamealpha, "w")
handle.write(">%s\n%s\n" % (linearr[0], linearr[1]))
handle.close()

但它只处理第一个序列,我需要它来处理包含序列的每一行,所以我需要一个循环,我该怎么办呢？保存到txt文件的部分也非常重要,所以我需要找到一种方法,可以将这两个目标结合起来.我的输出与上面的代码是:

>SequenceName_810..924
VAWNCRQNVFWAPLFQGPYTPARYYYAPEEPKHYQEMKQCFSQTYHGMSFCDGCQIGMCH

Answer 1

好的,我想我理解你的问题 - 你想迭代文件中的行,对吧？但只有序列中的第二行 - 具有蛋白质序列的那一行 - 重要,对吗？这是我的建议:

# context manager `with` takes care of file closing, error handling
with open(filename, 'r') as handle:
    for line in handle:
        if line.startswith('SequenceName_'):
             print line.split()
             # Write to file, etc.

我的理由是你只对开头的行感兴趣SequenceName_###.